如何使用XP CLR檢測基因組中的選擇信號

本篇內容介紹了“如何使用XP CLR檢測基因組中的選擇信號”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！

分析文件準備方法介紹：

如果不會編程，上述xpclr的輸入文件還是不好準備的，這里教大家利用plink準換生成.geno 文件；由于xpclr一次只能運行一條染色體，所以這里舉例第一條染色體運行：

## 生成pop1亞群 geno文件
#樣品名字變成兩列方便plink轉換生成.geno 文件：
awk '{print $1 "\t" $1}'  pop1.txt > pop1.keep.txt
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz \
    --keep pop1.keep.txt  --chr 1  --out  Chr1.pop1  \
    --recode 01 transpose -output-missing-genotype 9  \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order
cut -d " " -f 5- Chr1.pop1.tped  | awk '{print $0" "}' > Chr1.pop1.geno
## 生成pop2亞群 geno文件
awk '{print $1 "\t" $1}'  $datadir/pop2.txt > pop2.keep.txt
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz \
    --keep pop2.keep.txt  --chr 1  --out  Chr1.pop2  \
    --recode 01 transpose -output-missing-genotype 9  \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order
cut -d " " -f 5- Chr1.pop2.tped  | awk '{print $0" "}' > Chr1.pop2.geno

## 生成snp位置信息文件
zcat clean.sorted.vcf.gz|awk '$1=="1" {print " "$1":"$2 "\tChr01\t" $2/100000000 "\t" $2 "\t"  $4 "\t" $5 }' >  Chr01.snp
## 運行xpclr分析
XPCLR  -xpclr  Chr1.pop1.geno Chr1.pop2.geno  Chr01.snp Chr01.out  -w1 0.005 200 2000 Chr01 -p0 0.95
## 替換染色體名稱
sed 's/^0/Chr01/'  Chr01.out.xpclr.txt

得到的結果文件中，每一列分別代表 chr# grid# #ofSNPs_in_window physical_pos genetic_pos XPCLR_score max_s，XPCLR_score 是算出的 XP-CLR 分數。

“如何使用XP CLR檢測基因組中的選擇信號”的內容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站，小編將為大家輸出更多高質量的實用文章！