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tRNAscanSE怎么安裝使用

發布時間:2022-01-05 15:54:32 來源:億速云 閱讀:398 作者:iii 欄目:大數據

本篇內容介紹了“tRNAscanSE怎么安裝使用”的有關知識,在實際案例的操作過程中,不少人都會遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細閱讀,能夠學有所成!

tRNA  的預測可以使用  tRNAscanSE  ,該軟件能夠以每  15M  堿基假陽性低于  1  的靈敏度識別超過  99%  的  tRNA  基因,是目前預測  tRNA  最有力的工具。  tRNAscanSE  能在基因組水平上進行  tRNA  掃描,該軟件利用  perl  整合了  tRNAscan  、  EufindRNA  和  Cove  這  3  個獨立的  tRNA  檢測軟件,在運行時首先調用  tRNAscan  和  EufindRNA  鑒定基因組序列中的  tRNA  區域,然后調用  Cove  進行驗證。

安裝方法如下所示:

mkdir tRNAscantar -zxvf trnascan-se-2.0.5.tar.gzcd tRNAscan-SE-2.0./configure --prefix=(path)/tRNAscan #括號中省略了絕對路徑makemake installecho 'export PATH=$PATH:(path)/tRNAscan/bin' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc
該工具依賴  Infernal  ,接下來還要安裝  Infernal 1.1.2  ,如下所示:
wget -c http://eddylab.org/software/infernal/infernal-1.1.2.tar.gzmkdir infernaltar -zxvf infernal-1.1.2.tar.gzcd infernal-1.1.2./configure --prefix=(path)/infernalmakemake installecho 'export PATH=$PATH:(path)/infernal/bin' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc
tRNAscanSE  的使用方法如下所示:
tRNAscan-SE -B -o tRNA.out -f rRNA.ss -m tRNA.stats genome.fasta-A  適合于古細菌;-B  適合于細菌;-G  適合于古細菌,細菌和真核生物的混合序列;-O  適合于線粒體和葉綠體。不設置以上選項,則默認適合于真核生物;-C  僅使用Cove 進行tRNA 分析。雖然從一定程度上提高了準確性,但是運行速度很慢;-o  結果文件名-f  tRNA的二級結構結果文件名-m  統計結果文件名。

對細菌基因組序列進行預測,如下所示:

tRNAscan-SE -B -o twk.tRNA.out -f twk.tRNA.ss -m twk.tRNA.stats new.scaffolds.fasta

結果文件中out文件為不同Scaffolds上預測的tRNA位置及種類信息:

tRNAscanSE怎么安裝使用

stats文件為預測到的tRNA統計信息,包括預測到的tRNA數、總堿基數等,如下所示:

tRNAscanSE怎么安裝使用

ss文件為tRNA二級結構信息,如下所示:

tRNAscanSE怎么安裝使用

其中大于號或小于號表示互補配對區域,點號表示環形域或非互補配對區域。可以根據out文件與基因組序列提取出tRNA的序列文件與gff文件,如下所示:

perl 10_tRNAscan_parser.pl twk.tRNA.out new.scaffolds.fasta TWK

結果如下所示:

tRNAscanSE怎么安裝使用

序列名稱后面為該  tRNA  所攜帶的氨基酸以及反密碼子。

“tRNAscanSE怎么安裝使用”的內容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站,小編將為大家輸出更多高質量的實用文章!

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