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pheatmap返回的結果是什么

發布時間:2022-03-18 17:35:37 來源:億速云 閱讀:231 作者:iii 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹了pheatmap返回的結果是什么的相關知識,內容詳細易懂,操作簡單快捷,具有一定借鑒價值,相信大家閱讀完這篇pheatmap返回的結果是什么文章都會有所收獲,下面我們一起來看看吧。

pheatmap是一個熱圖繪制的R包,全稱pretty heatmap。利用的繪圖函數是pheatmap(),對應的數據則是一個數值矩陣,譬如基于如下的矩陣10X6:

> mat
              CK-WT-1      CK-WT-2      CK-WT-3   CK-tdr1-1   CK-tdr1-2   CK-tdr1-3
AT1G01010    3.741490    7.3618000    5.8173400   5.7113100   7.9705400  10.3762000
AT1G01030    5.235280    2.7707000    2.6685900   3.2263200   1.3210500   1.9672600
AT1G01040    2.821317    1.5633947    1.9316282   3.1948090   2.6008540   2.3012776
AT1G01050  118.660000  140.1430000  123.3830000  97.2229000  95.2539000  91.8525000
AT1G01060    1.873769   16.9090246    0.9559375   0.4774184   0.5273923   0.4333881
AT1G01070    1.710346    0.7802436    2.7996091   4.7297117   4.3637146   3.3732144
AT1G01080   30.261105   33.6571056   31.4669073  30.9689028  28.0334025  27.6215018
AT1G01090   86.640500  116.4700000  111.7380000  82.8809000  85.7292000  79.6027000
AT1G01100 1448.627845 1634.0417300 1566.5625600 648.4734402 683.4113500 647.2749880
AT1G01120  173.996000   51.0019000   52.3322000  66.9486000  41.1148000  49.7169000

直接按照默認參數繪圖獲得的結果是返回一張熱圖:

library(pheatmap)
pheatmap(mat,scale = "row")

而實際是pheatmap()返回的結果涉及多個:

Value

Invisibly a pheatmap object that is a list with components

  • tree_row the clustering of rows as hclust object

  • tree_col the clustering of columns as hclust object

  • kmeans the kmeans clustering of rows if parameter kmeans_k was specified

  • gtable a gtable object containing the heatmap, can be used for combining the heatmap with other plots


根據以上的解釋,可以知道pheatmap返回的對象是列表,其中包含了多個聚類的結果,其中一個組成結果為行聚類結果,對應的是行基于hclust聚類返回的對象,而hclust返回的對象也是一個列表,包括了多組信息。

以上面的代碼為例,將結果賦給一個新的向量,然后查看向量的結果:

list=pheatmap(mat,scale="row")
> summary(list)
         Length Class  Mode   
tree_row 7      hclust list   
tree_col 7      hclust list   
kmeans   1      -none- logical
gtable   6      gtable list

可以看到list$tree_row也是一個列表:

> summary(list$tree_row)
            Length Class  Mode     
merge       18     -none- numeric  
height       9     -none- numeric  
order       10     -none- numeric  
labels      10     -none- character
method       1     -none- character
call         3     -none- call     
dist.method  1     -none- character 
> list$tree_row$order
 [1]  2 10  5  7  8  4  9  1  3  6

而其中有一個重要的內容是order,他是進行行聚類重排后的排列順序,基于這個信息可以輸出排序后的矩陣,從而獲得與熱圖顯示順序一致的文件結果:

> newOrder=mat[list$tree_row$order,]
> newOrder
              CK-WT-1      CK-WT-2      CK-WT-3   CK-tdr1-1   CK-tdr1-2   CK-tdr1-3
AT1G01030    5.235280    2.7707000    2.6685900   3.2263200   1.3210500   1.9672600
AT1G01120  173.996000   51.0019000   52.3322000  66.9486000  41.1148000  49.7169000
AT1G01060    1.873769   16.9090246    0.9559375   0.4774184   0.5273923   0.4333881
AT1G01080   30.261105   33.6571056   31.4669073  30.9689028  28.0334025  27.6215018
AT1G01090   86.640500  116.4700000  111.7380000  82.8809000  85.7292000  79.6027000
AT1G01050  118.660000  140.1430000  123.3830000  97.2229000  95.2539000  91.8525000
AT1G01100 1448.627845 1634.0417300 1566.5625600 648.4734402 683.4113500 647.2749880
AT1G01010    3.741490    7.3618000    5.8173400   5.7113100   7.9705400  10.3762000
AT1G01040    2.821317    1.5633947    1.9316282   3.1948090   2.6008540   2.3012776
AT1G01070    1.710346    0.7802436    2.7996091   4.7297117   4.3637146   3.3732144

關于“pheatmap返回的結果是什么”這篇文章的內容就介紹到這里,感謝各位的閱讀!相信大家對“pheatmap返回的結果是什么”知識都有一定的了解,大家如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道。

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