blastall的參數有哪些

本篇內容主要講解“blastall的參數有哪些”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“blastall的參數有哪些”吧!

用blastall進行序列比對

blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常強大，其下面有非常多的參數，但是一般使用的參數如：-p、-i、-d、-o、-e等幾個。

• -p: 執行的程序名稱

• -d: 搜索的數據庫名稱

• -i : 要查詢的序列文件名(Query File)

• -e:(數學)期望值(Expectation value)，E值是個統計閾值，缺省值10, 意指比對結果中由于隨機偶然性產生的匹配結果不大于10,E值越小結果越可靠。

• -o :查詢結果輸出文件名

• -m: 比對結果顯示格式選項，缺省值為0 ，即pairwise格式。另外還可以根據不同的需要選擇1~6等不同的格式。

• -I :在描述行中顯示gi號[T/F]，缺省值F

• -v :單行描述（one-line description）的最大數目，缺省值500

• -b :顯示的比對結果的最大數目，缺省值250

• -F :對于要查詢的序列做低復雜度區域(low complexity regions, LCR)的過濾[T/F]，缺省值T。對blastn用的是DUST程序，其他比對用的是SEG程序。

• 所謂“低復雜度區域”是指某些或一些殘基過多表現，短周期重復等。對于高等哺乳動物的基因組序列，可以先用RepeatMask程序遮蔽重復元件。在輸出結果中，對LCR區的序列核酸用“N”代替，蛋白質序列用“X”代替。

• -a:運行BLAST程序所使用的處理器的數目，缺省值1

• -S:在數據庫中搜索時所使用的核酸鏈（strand），只對blastn、blastx和tblastx有效；1表示top，2表示bottom，3表示both；缺省值3

• -T: 產生HTML格式的輸出[T/F]，缺省值F

• -n: 使用MegaBlast搜索[T/F]，缺省值F

• -G: 打開一個gap的罰分（0表示使用缺省設置值），默認0

• -E: 擴展一個gap的罰分（0表示使用缺省設置值），默認0

• -q: 一個核酸堿基的錯配(mismatch)的罰分（只對blastn有效），缺省值-3

• -r : 一個核酸堿基的正確匹配(match)的獎分（只對blastn有效），缺省值1

• -M: 所使用的打分矩陣，缺省值BLOSUM62

1.1.1.    參數說明

基本參數、比對優化參數、結果輸出參數、控制輸入參數

表：blastall命令的參數說明

1.1.2.    使用說明與示例

程序使用說明

  比對命令示例

#建庫

makeblastdb -in HSP20_NCBI_pep.fasta -dbtype prot -title HSP20_NCBI_pep.fasta   #蛋白質序列

#blastp比對

blastall -i Arabidopsis_thaliana.TAIR10.pep.all.fa -d HSP20_NCBI_pep.fasta -p blastp -e 1e-10 -b 1 -v 1 -m 8 -o ncbi_hsp.out

到此，相信大家對“blastall的參數有哪些”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網站，更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續學習！