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這篇文章主要介紹pheatmap如何繪制熱圖,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!
install.package("pheatmap") #安裝包
library(pheatmap) #調用包
data <- read.table("111.csv",row.names=1,seq="\t")#導入數據
pheatmap(data,scale = "column"#安行均一化,“row”,“column”,“none”默認是“none”,clustering_distance_rows = "correlation"#聚類線長度優化,treeheight_row = 40,#按照行聚類樹高treeheight_col = 40#按列聚類樹高,cluster_cols = FALSE,#是否按列聚類cluster_rows = F,#是否按行聚類display_numbers = F,#是否在每一個格上顯示數據number_format = "%.2f",#顯示數據格式,幾位小數,或“\%1e”,顏色number_color,大小fontsize_number fontsize_row = 10,#行名稱字體大小fontsize_col = 15,#列名稱字體大小cellwidth = 50,cellheight = 14,main="ABC"#標題名稱,gaps_row = c(10,15),#插入縫隙,不能聚類cutree_rows = 7,#按聚類分割show_colnames = TRUE#是否顯示列名,color=colorRampPalette(c("green","white","red"),bias=2.5)(256),color=colorRampPalette(c("MediumBlue","white","red"))(256),#定義顏色border_color = "black",#定義格子框的顏色legend = FALSE,#是否顯示圖例legend_breaks = -1:4,#圖例范圍你filename = "111.pdf"#保存文件命令)
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