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小編給大家分享一下motif中PFM矩陣是怎么樣的，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！
PFM全稱為position frequency matrix, 用于代表motif的堿基分布頻數，本身是一個很容易了解的概念，以下圖所示的motif序列為例
根據以上8條序列可以統計出對應的堿基分布頻數，如下所示
每行為一種堿基，每一列為motif的一個位置。
在描述motif信息時，除了一致性序列和sequence logo外，PFM矩陣也是一個常見的元素。不同軟件會有不同的標準，理解這些格式就是本文的核心內容。
JASPAR是一個常用的轉錄因子motif數據庫，在該數據庫中，針對PFM矩陣有多種格式，如下圖所示
原始的PFM矩陣示意如下
第一行和fasta格式的序列標識符類似，>開頭，MA開頭的字符串為轉錄因子在JASPAR數據庫中的編號，是唯一的，AGL3表示該轉錄因子的名稱。
接下來的4行依次表示A, C, G, T4種堿基在每個位置的頻數分布。
JASPAR格式的PFM矩陣示意如下
和原始的PFM矩陣非常類似，只不過在每行的開頭標注了對應的堿基，并且用[和]操作符將堿基頻數矩陣括起來。
TRANSFAC格式的PFM矩陣示意如下
采用了TRANSFAC數據庫中的文件標準，AC表示motif編號，ID表示motif的名稱，PO以及下面的行為對應的堿基分布頻數。
MEME格式的PFM矩陣示意如下
ALPJABEAT代表堿基的字符集，strands代表鏈的方向性，+ - 代筆在使用meme預測motif時沒有指定鏈的方向，Background代表背景中的堿基組成頻率，MOTIF和以下的行為對應的堿基分布頻率。
不同的軟件和數據庫對應的PFM矩陣的格式不同，在使用不同軟件和數據庫時需要注意。
看完了這篇文章，相信你對“motif中PFM矩陣是怎么樣的”有了一定的了解，如果想了解更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道，感謝各位的閱讀！
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