如何使用ggseqlogo可視化motif

這篇文章主要講解了“如何使用ggseqlogo可視化motif”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“如何使用ggseqlogo可視化motif”吧！

ggseqlogo是一個motif可視化的R包，可以看做是seqLogo的加強版。除了基本的創建sequence logo的功能，新增了許多自定義的選項，靈活性更強，項目網址如下

https://omarwagih.github.io/ggseqlogo/

接受兩種格式的motif信息，第一種為序列數據，以下圖為例

在R中的表示方式如下

motif_seq <- c(
"CCCATTGTTCTC",
"TTTCTGGTTCTC",
"TCAATTGTTTAG",
"CTCATTGTTGTC",
"TCCATTGTTCTC",
"CCTATTGTTCTC",
"TCCATTGTTCGT",
"CCAATTGTTTTG"
)

第二種為motif的PFM矩陣，以下圖為例

在R中的表示方式如下

motif_pfm <- rbind(
c(0, 0, 2, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0),
c(4, 6, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 5, 0, 5),
c(0, 0, 0, 0, 0, 1, 8, 0, 0, 1, 1, 2),
c(4, 2, 2, 0, 8, 7, 0, 8, 8, 2, 6, 1)
)
rownames(motif_pfm) <- c("A", "C", "G", "T")

準備好任意一種符合格式的輸入文件之后，就可以進行可視化了。對于序列格式的信息，繪圖方式如下

ggseqlogo(motif_seq)

輸出結果如下

對于PFM矩陣，繪圖方式如下

ggseqlogo(motif_pfm)

輸出結果如下

以上只是ggseqlogo的基本用法，除此之外，還有以下幾種額外功能

1. 調整配色方案

和webLogo類似，針對核酸和蛋白序列，內置了多種配色方案。對于DNA和RNA序列，支持以下兩種配色防范

1. nucleotide

2. base_pairing

   
   

對于蛋白質序列，支持以下幾種配色方案

1. chemistry

2. hydrophobicity

3. clustalx

4. taylor

   
   

默認情況下會自動根據輸入的序列類型自動匹配配色方案，可以通過col_scheme強制指定，用法如下

ggseqlogo(motif_pfm, col_scheme='base_pairing')

輸出結果示意如下

還支持自定義配色方案，具體細節請參考官方文檔。

2. 繪制多個sequence logo

當有多個motif信息時，支持一鍵繪制多個motif的sequence logo, 用法如下

motif_list <- list(
"A"=motif_pfm,
"B"=motif_pfm,
"C"=motif_pfm,
"D"=motif_pfm)
ggseqlogo(motif_list,ncol = 2)

將多個motif信息存儲在list中，直接操作這個list對象即可，輸出結果如下

除了這些功能外，還提供了自定義字符集，字符高度，字體等各種功能，更多用法與細節請參閱幫助文檔。

感謝各位的閱讀，以上就是“如何使用ggseqlogo可視化motif”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對如何使用ggseqlogo可視化motif這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！