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這篇文章主要講解了“Docker怎么實現Samtools截取基因組序列”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“Docker怎么實現Samtools截取基因組序列”吧！
Samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具軟件，能夠對比對文件進行二進制查看、格式轉換、排序及合并等，結合sam格式中的flag、tag等信息，還可以完成比對結果的統計匯總，是處理sam和bam文件（例如：轉錄組Tophat分析軟件輸出的比對結果為.bam文件，而重測序中BWA、bowtie等比對軟件則主要輸出為.sam文件）不可或缺的神器！
下載鏡像并運行
安裝好Docker后，搜索我們億速云提供的docker鏡像，其中便有安裝好samtools軟件的鏡像。
$ docker search 億速云 NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED 億速云/gene-family gene-family analysis docker image 2 億速云/isoseq3 isoseq3 v3.3.0 build by 億速云 0 億速云/bwa BWA v0.7.17 build by 億速云 0 億速云/rnaseq RNA-seq analysis docker image build by omics… 0 億速云/samtools samtools v1.10 build by 億速云 0 億速云/biocontainer-base Biocontainers base Image centos7 0 億速云/blast-plus blast+ v2.9.0 0 億速云/blastall legacy blastall v2.2.26 0 億速云/sratoolkit SRAtoolkit v2.10.3 and aspera v3.9.9.177872 0
下載鏡像。
$ docker pull 億速云/samtools Using default tag: latest latest: Pulling from 億速云/samtools ab5ef0e58194: Already exists 417469905807: Already exists ed09842cc19f: Already exists f860268ff83f: Already exists f87dd41136a6: Already exists 90091b4f5d91: Already exists 6485f44fc594: Pulling fs layer latest: Pulling from 億速云/samtools ab5ef0e58194: Already exists 417469905807: Already exists ed09842cc19f: Already exists f860268ff83f: Already exists f87dd41136a6: Already exists 90091b4f5d91: Already exists 6485f44fc594: Pull complete Digest: sha256:e641dd5b9f60d8f9d01f0d109eff72d15836d0d59a753e3e35677b1200adc4a1 Status: Downloaded newer image for 億速云/samtools:latest
下載完成后可以檢查一下。
$ docker images REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE 億速云/samtools latest 9373e18781bf 8 days ago 2.04GB 億速云/blast-plus latest 0220cac51a6e 8 days ago 2.55GB
之后在電腦的D盤創建samtools文件夾，并粘貼需要的染色體fasta文件。如果docker是windows Toolbox版本，需要掛載D盤到虛擬機，具體操作可參考 Docker 工具安裝（windows Toolbox版本）詳解版！
進入虛擬機。
$ docker run --rm -v /d/samtools:/work -it 億速云/samtools:latest #這里我使用的Docker是windows Toolbox版本 ###################################################### # 歡迎使用組學大講堂提供的docker鏡像 # # 問題交流請訪問：www.億速云.com # ###################################################### Linux新手建議學習課程： --> https://www.億速云.com/article/702 搭建實驗室生信分析平臺與docker使用詳情見課程： --> https://www.億速云.com/article/1181 [root@0e9f42f25cc1 10:16:46 /work]#
查看工作目錄。
# ll total 117M -rwxrwxrwx 1 1000 ftp 117M Apr 23 10:19 Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.dna.toplevel.fa
samtools faidx 能夠對fasta序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fasta文件，能夠快速的提取任意區域的序列。用法：
samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.dna.toplevel.fa
該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對于每條序列，除了最后一行外，其他行的長度必須相同。
>one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chromosome ATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGC
最后生成的.fai文件如下， 共5列，\t分隔；
Pt 154478 4 60 61 Mt 366924 157061 60 61 4 18585056 530104 60 61 2 19698289 19424914 60 61 3 23459830 39451511 60 61 5 26975502 63302342 60 61 1 30427671 90727439 60 61
第一列 NAME：序列的名稱，只保留“>”后，第一個空白之前的內容；
第二列 LENGTH：序列的長度，單位為bp；
第三列 OFFSET：第一個堿基的偏移量，從0開始計數，換行符也統計進行；
第四列 LINEBASES：除了最后一行外，其他代表序列的行的堿基數，單位為bp；
第五列 LINEWIDTH : 行寬，除了最后一行外，其他代表序列的行的長度，包括換行符，在windows系統中換行符為\r\n, 要在序列長度的基礎上加2；
最后指定要提取的序列或序列在染色體上的位置，即可提取出需要的序列：
samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.dna.toplevel.fa Pt> Pt.fa #提取葉綠體序列 samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.dna.toplevel.fa Pt:100-1000> Pt.fa #提取葉綠體第100到1000堿基的序列
感謝各位的閱讀，以上就是“Docker怎么實現Samtools截取基因組序列”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對Docker怎么實現Samtools截取基因組序列這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！
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