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本篇內容介紹了“samtools工具docker鏡像如何使用”的有關知識,在實際案例的操作過程中,不少人都會遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細閱讀,能夠學有所成!
samtools工具docker鏡像使用方法:
1.查詢鏡像:
$ docker search 億速云 INDEX NAME DESCRIPTION STARS OFFICIAL AUTOMATED docker.io docker.io/億速云/biocontainer-base Biocontainers base Image 0 docker.io docker.io/億速云/samtools samtools 1.10 from 億速云 0
2.下載鏡像
docker pull docker.io/億速云/samtools:latest
運行鏡像并使用samtools對t.fa文件建立索引
-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft 70 Mar 16 17:30 t.fa /biosoft/docker/samtools total 24 -rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft 70 Mar 16 17:30 t.fa -rw-r--r-- 1 root root 14 Mar 16 17:55 t.fa.fai
或者直接可以把當前工作路徑傳遞進去:
docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa # -w 設置容器中的工作路徑
“samtools工具docker鏡像如何使用”的內容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站,小編將為大家輸出更多高質量的實用文章!
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