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samtools工具docker鏡像如何使用

發布時間:2022-03-21 10:24:22 來源:億速云 閱讀:211 作者:iii 欄目:開發技術

本篇內容介紹了“samtools工具docker鏡像如何使用”的有關知識,在實際案例的操作過程中,不少人都會遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細閱讀,能夠學有所成!

samtools工具docker鏡像使用方法:

1.查詢鏡像:

$ docker search 億速云
INDEX       NAME                                     DESCRIPTION                     STARS     OFFICIAL   AUTOMATED
docker.io   docker.io/億速云/biocontainer-base   Biocontainers base Image        0
docker.io   docker.io/億速云/samtools            samtools 1.10 from 億速云   0

2.下載鏡像

docker pull docker.io/億速云/samtools:latest

運行鏡像并使用samtools對t.fa文件建立索引

-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa

/biosoft/docker/samtools


total 24
-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa
-rw-r--r-- 1 root    root      14 Mar 16 17:55 t.fa.fai

或者直接可以把當前工作路徑傳遞進去:

docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa         # -w 設置容器中的工作路徑

“samtools工具docker鏡像如何使用”的內容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站,小編將為大家輸出更多高質量的實用文章!

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