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小編給大家分享一下如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！
一 載入數據集和R包
library(ggplot2)pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)head(pathway)
不同軟件得到的KEGG結果的列名稱可能不一致，但是這幾列幾乎都會有。
二 繪制KEGG氣泡圖
2.1初始化數據并繪制散點圖
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point()
可在以下幾個方面進行優化：
A：標題，橫縱坐標軸；
B：按照通路上基因的多少定義點的大小；
C：根據P值定義點的顏色；
2.2 修改點的大小
#按照Gene個數定義點的大小ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +geom_point() +geom_point(aes(size=Gene))
2.3 修改點的顏色
#定義連續型的配色ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
三 匯總展示
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene", ##expression函數定義函數樣式 []添加下標，^添加上標x="Pvalue", ##自定義標軸y="Pathway name",title="Pathway enrichment")+ ##自定義坐標軸theme_bw() #去掉背景
看完了這篇文章，相信你對“如何利用R語言的ggplot2包繪制KEGG氣泡圖”有了一定的了解，如果想了解更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道，感謝各位的閱讀！
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