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EnhancerAtlas數據庫有什么用

發布時間:2022-01-17 10:17:20 來源:億速云 閱讀:191 作者:小新 欄目:大數據

小編給大家分享一下EnhancerAtlas數據庫有什么用,相信大部分人都還不怎么了解,因此分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲,下面讓我們一起去了解一下吧!

EnhancerAtlas結合三種高通量數據的分析結果來預測人和小鼠中的增強子,該數據庫最新版本為v2.0, 網址如下

http://www.enhanceratlas.org/index2.php

對于人類增強子,基于hg19基因組版本進行預測,目前包含來自170種細胞或組織共共4,506,217個增強子信息;對于小鼠增強子,基于mm9基因組版本進行預測,目前包含來自150種細胞或組織共2,811,699個增強子信息。

支持直接輸入基因名稱或者基因組特定區域,查看在該區域內的增強子,示意如下

EnhancerAtlas數據庫有什么用

檢索結果示意如下

EnhancerAtlas數據庫有什么用

采用了基因組瀏覽器的展示形式,每一行稱之為track, 黑色字體對應行表示每種方法檢測到的該區域reads覆蓋結果,紅色字體對應行為綜合多種方法得到的增強子區域的結果。

在結果頁面,可以下載該區域包含的增強子的fasta序列文件,示意如下

EnhancerAtlas數據庫有什么用

也可以比較增強子在不同細胞系中的表達,檢索框示意如下

EnhancerAtlas數據庫有什么用

檢索結果示意如下

EnhancerAtlas數據庫有什么用

可以直觀比較不同細胞系中增強子的表達情況。該數據庫還支持展示增強子和基因之間的調控網絡,檢索框示意如下

EnhancerAtlas數據庫有什么用

調控網絡的結果如下所示

EnhancerAtlas數據庫有什么用

EnhancerAtlas數據庫有什么用

除了在線檢索功能外,該數據庫中的數據還可以免費下載,無論是不同細胞系中增強子區間,還是增強子和基因間的調控網絡,都可以直接下載得到。對于增強子研究而言,該數據庫非常值得參考。


以上是“EnhancerAtlas數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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