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這篇文章將為大家詳細講解有關lncRNASNP數據庫有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
lncRNASNP數據庫收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位點信息，通過以下兩種思路將lncRNA與SNP結合起來
探究SNP位點對于lncRNA結構的影響
分析SNP位點對于lncRNA與miRNA結合的影響
除此之外，還提供了lncRNA,SNP在TCGA數據庫中的相關信息，比如lncRNA在各種腫瘤中的表達譜，SNP位點在各種疾病中的突變情況。該數據庫的網址如下
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2
對于一個lncRNA, 包含了以下幾種信息
包含以下3種來源的SNP位點
dbsnp
TCGA
Cosmic
以dbsnp數據庫為例，結果示意如下
包含lncDisease數據庫中提供的實驗證據支持的相關疾病和使用TAM軟件預測的信息，示意如下
采用軟件預測lncRNA與miRNA結合區域信息，一個lncRNA會存在多個miRNA結合位點，示意如下
點擊每個miRNA，可以看到軟件預測的詳細結果
采用了Pita, MiRanda, TargetScan3款軟件進行預測。
包括以下兩種影響
gain
loss
gain指的是原本lncRNA與miRNA沒有結合位點，突變之后的lncRNA與miRNA存在結合位點，loss則與之相反，示意如下
采用柱狀圖的形式展示在不同腫瘤中的表達譜數據，示意如下
官網還提供了在線工具，可以分析突變位點對于lncRNA-miRNA結合的影響以及SNP對于lncRNA二級結構的影響，如下所述
只需要輸入lncRNA的野生型序列和突變型序列，采用上述的3種軟件預測miRNA與兩種序列的結合位點，從而分析突變對于lncRNA-miRNA結合的影響，示意如下
采用RNAsnp軟件預測snp位點對于lncRNA二級結構的影響，示意如下
官網還提供了很多的功能，具體用法請移步官網自行探究。
關于“lncRNASNP數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，使各位可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，請把它分享出去讓更多的人看到。
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