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這篇文章主要為大家展示了“TFTG數據庫有什么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“TFTG數據庫有什么用”這篇文章吧。
研究轉錄因子調控的靶基因有兩種常用的手段，第一種就是利用chip-seq等方式，研究特定轉錄因子在基因組的結合位置，從而判斷其調控的基因，因為有實驗證據的支持，所以這種方式得到的調控基因會更加可信，存在的問題就是peak calling時的假陽性率問題。
另外一種方式是建立在轉錄因子的motif已知的情況下，可以采用FIMO等軟件在基因的啟動子序列上進行查找，如果能夠匹配上，說明該基因可能是靶基因，這種方式就是單純的通過計算手段來預測靶基因，相對而言，假陽性率會更高。
TFTG數據庫全稱是Transcription Factor Target Gene Databse, 是一個轉錄因子靶基因數據庫，該數據庫結合實驗手段和分析手段來研究轉錄因子和靶基因之間的調控關系，示意圖如下
對于轉錄因子USF1而言，其motif已知，首先利用FIMO軟件在基因的啟動子去查找對應的motif, 這里啟動子區定義為轉錄起始位點TSS上下游5KB, 通過這種方式找到了3個候選的轉錄因子結合位點TFBS。
然后根據DNAse-seq的結果，可以排除第三個位點，因為其染色質不是開放狀態，然后根據DGF印跡法的結果，排除了第一個位點，在該位點沒有任何的印跡。最后結合該轉錄因子的chip-seq實驗的結果，基本可以確定第二個候選位點是一個真實的TFBS。
該數據庫綜合利用上述多種實驗和分析手段，最終構建出一個高可信度的轉錄因子靶基因調控數據集。通過官網的檢索功能，可以查看某個基因或者轉錄因子的調控網絡
對于轉錄因子而言，以TP53_MA0106.1為例，檢索結果包含了以下信息
對于基因而言，以AACS為例，檢索結果包含了以下信息
該數據庫是免費下載的，提供了以下兩種數據
excel文件中保存的是所有轉錄因子的名字，對應的基因信息，示意如下
壓縮文件中保存的是每個轉錄因子對應的靶基因信息。通過該數據庫，我們不僅可以得到轉錄因子對應的靶基因信息，更加值得借鑒的是它解決問題的思路，綜合實驗手段和計算手段來降低假陽性率。
以上是“TFTG數據庫有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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