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這篇文章主要為大家展示了“TANRIC數據庫有什么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“TANRIC數據庫有什么用”這篇文章吧。
TANRIC整合了來自TCGA, CCLE等大型腫瘤研究項目的數據，對多種腫瘤的lncRNA表達量進行分析，差異分析，并對lncRNA與臨床信息，基因組等數據進行相關性分析。
網址如下
https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/main.html
數據庫構建的pipeline示意如下
以Gencode數據庫中的lncRNA為標準進行分析，在分析前，過濾掉了其中與蛋白編碼基因的exon有重疊的lncRNA
下載TCGA，CCLE等項目的RNA_seq數據，對腫瘤中的lncRNA進行定量，采用的是RPKM的定量方式，篩選表達量在所有樣本中平均值大于0.3的lncRNA進行后續差異分析
從TCGA中下載樣本對應的臨床信息，基因組和蛋白組數據，分析lncRNA和這些數據之間的相關性，采用的是斯皮爾曼相關系數，以相關系數0.6作為閾值
網站分為了以下6個模塊
這部分可以查看每種腫瘤的數據來源，樣本個數等信息，示意如下
點擊Show按鈕，可以查看詳細信息，示意如下
這部分查看每個腫瘤中lncRNA表達量的聚類結果，以熱圖的形式呈現，示意如下
這部分用于下載數據，示意如下
其他3個模塊結果是類似的，都是用于查看lncRNA分析的結果，分成了如下所示的3種分析
結果展示示意如下
對于腫瘤中的lncRNA研究而言，該數據庫非常值得參考。
以上是“TANRIC數據庫有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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