NONCODE數據庫有什么用

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NONCODE數據庫是一個綜合的非編碼RNA數據庫，該數據庫中包含了除tRNA和rRNA之外的其他類型的非編碼RNA信息，其中絕大部分是lncRNA,網址如下

http://www.noncode.org/index.php

目前最新版本為v5, 共包含了17個物種的非編碼RNA, 物種和對應的lncRNA數量匯總如下

該數據庫通過兩個途徑收集和整理非編碼RNA信息，第一種是通過pubmed進行文獻檢索，以ncrna, non-coding等關鍵詞檢索，然后從文章中提取非編碼RNA;第二種是通過已有的數據庫，比如RefSeq, GENCODE, lncRNAdb等。

將收集到的所有非編碼RNA以gtf和bed格式進行記錄，通過compare合并相同轉錄本，去冗余，對去冗余只有的轉錄本和基因賦予NONCODE的ID; 然后利用CNCI預測其蛋白編碼潛能，只保留CNCI預測結果為non-coding的轉錄本。

以上可以得到非編碼RNA的基本信息，除此之外，還提供了在不同組織或者細胞系中的表達譜，功能預測，在不同物種間的保守性， 相關疾病等注釋信息，人類的非編碼RNA表達譜從Human BodyMap2.0 項目和GSE30554兩個項目中得到；小鼠的表達譜數據從ERP000591得到，lncRNA的功能預測結果通過lnc-GFP這個軟件預測得到。

通過Browse DB, 可以查看數據庫中每個非編碼RNA的信息，示意如下

NONCODE數據庫的轉錄本ID以NON開頭，后面三個字母代表物種，比如human對應HSA, 接下來的T代表轉錄本，后面的數字編號用于區分不同轉錄本; 對于每個轉錄本，給出了染色體位置，外顯子個數，長度，CNCI score等信息。

點擊每個轉錄本ID, 可以查看詳細信息，除了序列等基本信息外，還包括以下兩種信息

1. 表達譜

2. 二級結構

通過Function菜單，可以檢索得到lncRNA對應的Go注釋， 結果示意如下

lncRNA對應的GO注釋是通過ncFANS這個在線網站得到的。

通過Disease菜單，可以檢索到得到lncRNA相關的疾病和突變信息，示意如下

官網還提供了iLncRNA工具，用于預測lncRNA, 示意如下

只需要上傳轉錄本對應的GTF文件或者BED文件就可以了。

對于所有物種的lncRNA, 提供了fasta和bed兩種格式供下載，對于常見的human, mouse, rat, 還提供了gtf格式的文件。

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