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這期內容當中小編將會給大家帶來有關人和小鼠中的超級增強子數據庫dbSUPER該怎么理解，文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
dbSUPER是超級增強子數據庫的開山之作，文章發表在Nucleic Acids Research上，鏈接如下
https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D164/2502575
該數據庫的網址如下
http://asntech.org/dbsuper/
收錄了人和小鼠中的超級增強子信息，采用了兩種策略來定義增強子
從pubMed中收集已發表的，有文獻支持的超級增強子
利用從ENCODE, GEO等公共數據庫中下載的H3K27ac chip_seq數據，采用MACS識別peak區域，將p小于10的負9次方的peak作為增強子區，然后采用ROSE這款軟件來識別超級增強子區
對于human而言，基于hg19版本進行分析，共收錄了來自102種不同細胞/組織共69205個超級增強子;對于mouse而言,基于mm9版本進行分析，共收錄了來自25種不同細胞/組織共13029個超級增強子信息，圖示如下
將超級增強子上下游50kb范圍內存在的基因作為對應的靶基因，基于這種簡單的策略來預測超級增強子的靶基因。整個數據庫構建的pipeline示意如下
通過Browser菜單，可以瀏覽超級增強子數據，示意如下
點擊超級增強子的ID,可以查看下列詳細信息
除了基本的檢索和瀏覽功能，該數據庫還支持將超級增強子信息傳遞給其他在線工具，方便下游分析，示意如下
可以通過UCSC基因組瀏覽器查看超級增強子區的reads分布情況，也可以發送給Cistrom, GREAT進行下游分析。
該數據庫只是提供了超級增強子區域的染色體位置等基本信息，缺乏對超級增強子區域內的其他基功能元件的注釋。
上述就是小編為大家分享的人和小鼠中的超級增強子數據庫dbSUPER該怎么理解了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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