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HMDD數據庫有什么用

發布時間:2022-01-15 15:49:04 來源:億速云 閱讀:243 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章給大家分享的是有關HMDD數據庫有什么用的內容。小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,一起跟隨小編過來看看吧。

HMDD是一個手工收集整理的miRNA與疾病相關聯的數據庫,最新版本為V3.0,網址如下

http://www.cuilab.cn/hmdd

共包含1102個miRNA基因,850種疾病,32281個miRNA與疾病的關聯數據,對于每個miRNA與疾病之間的關聯,都有對應的文獻,會給出pubmed ID。

通過Browse功能,可以從miRNA和disease兩個角度出發,查看該數據庫中的內容

1. miRNA

hsa-let-7的結果示意如下

HMDD數據庫有什么用

2. disease

Anemia疾病的結果示意如下

HMDD數據庫有什么用

處理miRNA和疾病之間的關聯,利用文獻中的數據,還整理出了miRNA對應的靶基因數據,并提供了miRNA-target gene的網絡圖,既可以分析單個miRNA的調控網絡,也支持某種疾病中的miRNA調控網絡,示意如下

HMDD數據庫有什么用

圖例如下所示

HMDD數據庫有什么用

藍色節點代表gene, 其他顏色的節點代表miRNA, 綠色表示該miRNA在患病者中上調,紅色代表下調,灰色代表不確定miRNA的表達趨勢,紅色連線代表負調控作用,綠色連線代表正調控作用。

該數據庫的數據是可以免費下載的,通過該數據庫,我們可以快速得到miRNA和疾病之間的關聯。

感謝各位的閱讀!關于“HMDD數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,讓大家可以學到更多知識,如果覺得文章不錯,可以把它分享出去讓更多的人看到吧!

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