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這篇文章將為大家詳細講解有關miRTarBase數據庫有什么用,小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
miRTarBase是一個手工收集的,經過實驗驗證過的miRNA靶基因數據庫,網址如下
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
如下圖所示,miRTarBase最新版本為V7.0, 于2017年9月15號更新,共收錄了23個物種。4076 個miRNA, 23054 個基因,422517 個靶基因相互作用
通過Browse
功能,可以利用以下四種方式瀏覽數據庫中的內容
miRNA ID
Target Gene
Disease
Species
Statistics
提供了每個物種對應的miRNA靶基因情況,示意如下
以Human為例,共收錄了2599 個miRNA, 這些miRNA 的靶基因的集合共有15064 個,而人一共有2萬多個蛋白編碼基因,接近80%都受到miRNA的調控,可見 miRNA調控機制的廣泛性和重要性。
對于miNRA-Target Gene , 共有380639 條記錄, 平均每個miRNA有380639 / 2599=146個靶基因, 而每個基因平均受到380639 / 15064 = 25 個 miRNA的調控。
Search
功能則提供了多種檢索方式
以mirBase數據庫中的miRNA ID進行檢索,示意如下
以Gene Symbol進行檢索,示意如下
以kegg pathway通路進行檢索,示意如下
以各種驗證miRNA和靶基因相互作用的手段進行檢索,示意如下
以疾病進行檢索,示意如下
高級檢索功能,支持一次檢索多個miRNA或者基因,示意如下
檢索結果如下所示
對于每條miRNA靶基因的記錄, 都會賦予1個唯一的 miRNA-target interactions (簡稱MTs) 編號,比如MIRT000287,對于檢索結果,可以根據實驗證據的可靠性,進行篩選。
miRTarBase不僅提供了高可信度的miRNA靶基因信息,同時也提供了文獻報道的miRNA和疾病之間的相關信息。
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