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這篇文章主要介紹了ANFD-HLA數據庫有什么用,具有一定借鑒價值,感興趣的朋友可以參考下,希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲,下面讓小編帶著大家一起了解一下。
在研究SNP時,我們有類似1000G,HapMap, Exac 等數據庫,提供了不同人群中的頻率信息。對于HLA的研究而言,也有存儲頻率信息的數據庫-ANFD。
官網鏈接如下
http://www.allelefrequencies.net/default.asp
ANFD全稱Allel Frequency Net Database, 存儲了HLA, KIR,Cytokine, MIC 共4種人類基因組中多態性較高的突變信息,其中記錄了allel, haplotype, genotype 3種格式的信息,最關鍵的是,提供了在不同人群中的頻率信息。
通過該數據庫的檢索功能,可以查詢HLA Allel在不同人群中的頻率分布,網址如下
http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp
Locus
指定HLA基因座,Population
指定人群,然后點擊Search
按鈕即可,上述條件的檢索結果如下
由于HLA基因簇的緊密連鎖性,除了單個Allel的頻率外,相關單倍型的頻率也是需要關注的。官網也提供了檢索單倍型的功能,網址如下
http://www.allelefrequencies.net/hla6003a.asp
通過選擇構成單倍型的基因組合,然后進行檢索。上述條件的檢索結果如下
通過ANFD數據庫,我們可以方便的得到HLA的Allel和haplotype在人群中的頻率信息,除此之外,官網還提供了許多其他的功能,有待進一步的學習和使用。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章,希望小編分享的“ANFD-HLA數據庫有什么用”這篇文章對大家有幫助,同時也希望大家多多支持億速云,關注億速云行業資訊頻道,更多相關知識等著你來學習!
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