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這篇文章給大家分享的是有關circNet數據庫有什么用的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
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circNet是一個環狀RNA的數據庫，不僅收錄了cirRNA的基本信息，還提供了環狀RNA在不同組織中的表達譜數據以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA調控網絡，網址如下
http://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/
數據庫構建的流程如下所示
從SRA數據庫中收集了來自26個不同組織，共464個樣本的RNA_seq數據，利用find_circ軟件預測其中的環狀RNA,共預測到212950個環狀RNA,和circBase數據庫相比，其中有53687個是新的環狀RNA。為了降低假陽性，選取junction reads大于3的環狀RNA作為高可信度的環狀RNA,最終得到34000個環狀RNA。
軟件預測環狀RNA只會給出連接點在基因組上的位置，意味著我們只能確定環狀RNA的頭尾，無法直接確定中間的序列信息，為此，該數據庫根據下圖所示策略去注釋環狀RNA的序列信息
圖A表示對于頭尾都對應exon的環狀RNA,在注釋序列時，將所有eoxn的組合情況都列出，作為circRNA的多個isoform;圖B表示對于剪切位點在內含子上的環狀RNA,注釋其序列時將exon兩側的intron序列也包含進去；圖C表示環狀RNA頭尾位于已知基因的反義鏈時，直接根據頭尾的染色體位置截取序列最終該環狀RNA的序列；圖D表示對于頭尾在基因間區的環狀RNA,和圖C同樣的做法，直接根據頭尾的染色體位置截取序列最終該環狀RNA的序列。
根據環狀RNA的序列,通過targetScan軟件預測與miRNA的相互作用，然后再結合miRTarBase和miRBase數據庫中的miRNA與基因的調控關系，構建了circRNA-miRNA-gene的ceRNA調控網絡。
在官網首頁可以以基因為單位檢索對應的ceRNA調控網絡，以ZEB1為例，示意如下
圖例如下所示
紫色節點代表環狀RNA,黃色節點代表miRNA,藍色節點代表gene;紅色連線用于連接miRNA和靶標基因，綠色連線用于連接gene和環狀RNA, 藍色連線用于連接circRNA和miRNA。
在右側面板會顯示在不同組織中的表達量，環狀RNA與miRNA的相互作用網絡等信息。
感謝各位的閱讀！關于“circNet數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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