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這期內容當中小編將會給大家帶來有關如何理解IMGT和HLA數據庫,文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述,閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
IMGT/HLA 數據庫收錄了HLA不同Allel 的序列信息,網址如下
https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/
最近更新日期為2018年7月11號,版本為3.33.0, 數據庫中收錄的信息如下
數據庫中主要收錄了HLA I 型和II 型基因的Allel信息,此外,還包含了一些非HLA基因的Allel
對于HLA-I 型基因,包含了經典的HLA-A, HLA-B, HLA-C 等基因,此外,還有部分假基因
HLA II 型基因主要包含了DR, DQ, DP, DO, DM系列基因
包含了HFE
, MICA
, MICB
, TAP1
, TAP2
這幾個基因
對于不同的Allel, 除了WHO委員會指定的標準命名外,還提供了一個HLA編號,示意圖如下
在如下鏈接中,可以查看每個allel的詳細情況
https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/docs/version_r3330.html
帶下劃線的都是超鏈接,可以點擊查看詳細情況。以A*01:01:01:14
為例,詳細信息如下
該數據庫還提供了FTP服務,用于下載不同Allel的基因或者蛋白序列,鏈接如下
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipd/imgt/hla/
在FTP中,提供了fasta
, msf
, pir
等多種格式,通常下載fasta就可以了,同時提供了dna, rna, protein 3個不同水平的序列
上述就是小編為大家分享的如何理解IMGT和HLA數據庫了,如果剛好有類似的疑惑,不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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