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如何理解IMGT和HLA數據庫

發布時間:2021-11-22 19:32:13 來源:億速云 閱讀:971 作者:柒染 欄目:大數據

這期內容當中小編將會給大家帶來有關如何理解IMGT和HLA數據庫,文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述,閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

IMGT/HLA 數據庫收錄了HLA不同Allel 的序列信息,網址如下

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/

最近更新日期為2018年7月11號,版本為3.33.0, 數據庫中收錄的信息如下

1. 數據概覽

數據庫中主要收錄了HLA I 型和II 型基因的Allel信息,此外,還包含了一些非HLA基因的Allel

如何理解IMGT和HLA數據庫

2. HLA I 型

對于HLA-I 型基因,包含了經典的HLA-A, HLA-B, HLA-C 等基因,此外,還有部分假基因

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3. HLA II 型

HLA II 型基因主要包含了DR, DQ, DP, DO, DM系列基因

如何理解IMGT和HLA數據庫

4.  其他基因

包含了HFE, MICA, MICB, TAP1, TAP2這幾個基因

如何理解IMGT和HLA數據庫

對于不同的Allel,  除了WHO委員會指定的標準命名外,還提供了一個HLA編號,示意圖如下

如何理解IMGT和HLA數據庫

在如下鏈接中,可以查看每個allel的詳細情況

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/docs/version_r3330.html

如何理解IMGT和HLA數據庫

帶下劃線的都是超鏈接,可以點擊查看詳細情況。以A*01:01:01:14為例,詳細信息如下

如何理解IMGT和HLA數據庫

該數據庫還提供了FTP服務,用于下載不同Allel的基因或者蛋白序列,鏈接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/ipd/imgt/hla/

在FTP中,提供了fasta, msf, pir等多種格式,通常下載fasta就可以了,同時提供了dna, rna, protein 3個不同水平的序列

如何理解IMGT和HLA數據庫

上述就是小編為大家分享的如何理解IMGT和HLA數據庫了,如果剛好有類似的疑惑,不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道。

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