KEGG API 用法有哪些

本篇文章給大家分享的是有關KEGG API 用法有哪些，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。

info

主要用于展示每個數據庫共有多少條記錄的統計信息和于該數據相關的其他數據庫，url 格式如下：

http://rest.kegg.jp/info/database
database = kegg | pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag | ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network |
variant | disease | drug | dgroup | environ

示例 : 查看pathway 數據庫的基本信息

http://rest.kegg.jp/info/pathway

pathway KEGG Pathway Database
path Release 85.0+/03-11, Mar 18
Kanehisa Laboratories
570,005 entries
linked db module
ko
genome
<org>
compound
glycan
reaction
rclass
enzyme
network
disease
drug
pubmed

list

列出數據庫中所有的記錄，或者列出指定條目的記錄
對于list  操作，共有3種不同的URL 格式

第一種，查看數據庫中所有的記錄

http://rest.kegg.jp/list/database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | organism | medicus

示例：查看所有ko的信息

http://rest.kegg.jp/list/ko

ko:K00001    E1.1.1.1, adh; alcohol dehydrogenase [EC:1.1.1.1]
ko:K00002    AKR1A1, adh; alcohol dehydrogenase (NADP+) [EC:1.1.1.2]
ko:K00003    E1.1.1.3; homoserine dehydrogenase [EC:1.1.1.3]

• 第二種，只針對pathway和 module 數據庫 ,查看特定物種的信息，格式如下

http://rest.kegg.jp/list/database/org
database = pathway | module

示例：查看human對應的所有pathway 信息

http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa

path:hsa00010    Glycolysis / Gluconeogenesis - Homo sapiens (human)
path:hsa00020    Citrate cycle (TCA cycle) - Homo sapiens (human)
path:hsa00030    Pentose phosphate pathway - Homo sapiens (human)

• 第三種，查看數據庫中的某幾條記錄，使用數據庫中的標識符進行查找，多個標識符用+ 鏈接，最多1個URL 中允許查找10個

http://rest.kegg.jp/list/dbentries
dbentries = Entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：查看pathway 中 map00010 和 map00040 的信息

http://rest.kegg.jp/list/map00010+map00040

path:map00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
path:map00040 Pentose and glucuronate interconversions

find

find 用于在數據庫中根據關鍵詞進行查找, 格式如下

http://rest.kegg.jp/find/database/query
database = pathway | brite | module | ko | genome | genes | org | vg | ag |
ligand | compound | glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | medicus

示例：根據關鍵詞 shiga和toxin 查找相關的基因

http://rest.kegg.jp/find/genes/shiga+toxin

ece:Z1464    stx2A; shiga-like toxin II A subunit encoded by bacteriophage BP-933W
ece:Z1465    stx2B; shiga-like toxin II B subunit encoded by bacteriophage BP-933W
ece:Z3343    stx1B; shiga-like toxin 1 subunit B encoded within prophage CP-933V

以上就是KEGG API 用法有哪些，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。