KEGG Genome數據庫的原理是什么

這期內容當中小編將會給大家帶來有關KEGG Genome數據庫的原理是什么，文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

kegg Genome 由organisms，selected viruses 和 Metagenomes 3個數據庫構成。

kegg Organisms 數據庫收錄了有完整基因組序列的物種信息，對于每個物種，有兩種表示方法：

1. 三個字母或者四個字母的物種代碼， 叫做org code,  比如human對應的org code 為hsa, mouse對應的org code為mmu；

2. T Number, 對于organisms 中的所有物種來說，開頭都是T0, 比如 human 對應的T Number 為T01001;

   
   

以human為例，鏈接為

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_organism?org=hsa

organisms 數據庫記錄了如下的信息：

除了 T number 和 Org code 等基本信息外，還包括了taxonomy 等其他信息。在這些詳細信息中，Data source 代表基因組序列的來源數據庫，通常是 Refseq 或者 Genebank; Original DB 是物種特異性的其他數據庫，點擊藍色的字可以跳轉到對應的數據庫中去。其實這就是綜合性數據庫的價值，你只需要在綜合性數據庫中瀏覽，就可以知道這個物種相關的數據庫有哪些，而且可以很方便的跳轉到感興趣的數據庫中。

selected  viruses 數據庫收錄了與人類或者植物病理性相關的病毒信息，對于不同的病毒，用T Number 進行區分。所有的病毒的T Number 都是以 T4 開頭的，比如T40218

http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?gn:T40218

viruses 數據庫中還會提供病毒的宿主，相關疾病等詳細信息。

Metagenomes 數據庫收錄了一些環境微生物的相關信息，主要包括口腔，腸道，空氣，皮膚， 泌尿生殖系統5大，大部分是口腔和腸道微生物。對于環境微生物，每個物種的T number 都是 T3 開頭。

kegg官網提供的Genome 數據庫的構成示意圖如下：

對于organisms 數據庫中的物種，kegg 提供了一個簡單的taxonomy 分類體系，和 NCBI 的taxonomy 數據庫還是有區別的。

總結

1. kegg genome 數據庫存儲物種信息，由organisms , viruses, metagenomes 三個數據庫構成。

2. 每個物種用T Number 唯一標識，organisms 中的物種都以T0 開頭， viruses 中的物種以 T4 開頭，metagenomes 中的物種以 T4 開頭。

3. kegg有一套較為簡單的物種分類體系，叫做kegg taxonomy, 和 ncbi  taxonomy 還是有區別的。

上述就是小編為大家分享的KEGG Genome數據庫的原理是什么了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。