KEGG Network 數據庫的原理是什么

這期內容當中小編將會給大家帶來有關KEGG Network 數據庫的原理是什么，文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。

kegg orthology 數據庫是 kegg 的核心，利用基因在不同物種之間的保守性，使得我們可以在更高層次上解讀基因功能。 pathway, brite, module 等數據庫都是建立在KO 數據庫的基礎之上的，所以任何基因組的數據都可以映射到這些數據庫中去。當然這種方法有其局限性，在一定程度上忽略了特定物種內基因的變異信息。

network 數據庫針對human ，除了提供了基因的功能和相互作用以外，還把基因的變異信息包含進來，更進一步與疾病相關聯。

上面是kegg 官網提供的示意圖，KO 建立在不同物種的gene具有同源性的基礎上，而pathway 利用KO注釋信息，提供了跨物種的通路信息，而network 數據庫從pathway數據庫延伸而來，在pathway 的基礎上，將基因的變異信息（包括SNP, 基因融合等結構變異現象和基因表達量的變化現象）也包括了進來，對于人類基因相關變異與疾病的研究，提供了更為細致的參考信息。

network 數據庫中的每條記錄叫做network element, 以N Number 唯一標識， 里面記錄的是基因之間的相互作用的網絡，由于network 來源于pathway 數據庫，所以每條記錄都會有對應的pathway信息，在這些通路圖中，會將基因進行特殊標記，比如下圖為 N0002對應的 hsa05220 通路

在上圖中，粉色標記的方框為network 中記錄的基因，而粉色方框中用紅色顯示的則是發生變異的基因；

對于N0002 這條記錄來說

Defiinition 字段記錄了基因間相互作用信息，其中的ABL基因發生了變異，產生了BCR-ABL 融合基因，導致出現了疾病。結合上面的通路圖來一起理解，可以看到BCR-ABL 在通路圖中是粉色方框，紅色字體的標記方式，其他有記錄的基因則是只有粉色方框的標記；

在network 中，將所有的記錄分成3大類

1. reference, 這些network只是從pathway中提取出了基因的相互作用信息；

2. variant,在原本的基因相互作用的基礎上，包含了基因的變異信息；

3. virus,在原本的基因相互作用的基礎上，包含看病毒的入侵基因導致的相互作用的變化，

在下面的鏈接中，可以看到

http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_network?id=nt06201&cancer=1

第一列為對應的network 數據庫中的記錄；第二列各種顏色的小方塊代表該network相關的疾病，不同疾病用不同的顏色標識；其他列為該network中記錄的基因間相互作用，其中綠色代表的就是reference, 紅色代表的是variant, 粉色代表的是virus。

我們可以看到reference network都沒有相關的疾病信息，只有variant和virus 可以看到相關的疾病信息。

紅色的鏈接可以關聯到variant的詳細信息，比如EGF* 代表的具體變異信息為1950v1, 代表了EGF基因的過表達；粉色的鏈接關聯到KO數據庫，提供了該基因功能的具體信息，比如vK1 是一種病毒的基因；

總結

1. network數據庫專門針對human而言，從pathway數據庫中提取出基因間相互作用，構建了相互作用的網絡；

2. network數據庫還將基因的變異，外源基因入侵和疾病信息相關聯，在整個數據庫中，可分成三個大類：reference network, 直接從pathway中提取的基因的相互作用; variant network , 包含了基因的變異信息，包括結構變異和表達量變異; virus network, 包含了入侵機體的病毒基因信息。對于variant和virus network, 還會給出相關的疾病信息；

3. network 還有相關的pathway通路圖，在通路圖中，將由記錄的基因，用粉色方框高亮顯示；

上述就是小編為大家分享的KEGG Network 數據庫的原理是什么了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。