SNP分析中報錯怎么解決

今天小編給大家分享一下SNP分析中報錯怎么解決的相關知識點，內容詳細，邏輯清晰，相信大部分人都還太了解這方面的知識，所以分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后有所收獲，下面我們一起來了解一下吧。

SNP分析過程中，由于基因組序列長度過長，會導致GATK軟件報錯。如下所以：

Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Exception when processing alignment for BAM index A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.
        at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:124)
        at htsjdk.samtools.SAMFileWriterImpl.addAlignment(SAMFileWriterImpl.java:177)
        at picard.sam.MarkDuplicates.doWork(MarkDuplicates.java:298)
        at picard.cmdline.CommandLineProgram.instanceMain(CommandLineProgram.java:183)
        at picard.sam.MarkDuplicates.main(MarkDuplicates.java:161)
Caused by: htsjdk.samtools.SAMException: Exception creating BAM index for record A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.
        at htsjdk.samtools.BAMIndexer.processAlignment(BAMIndexer.java:91)
        at htsjdk.samtools.BAMFileWriter.writeAlignment(BAMFileWriter.java:121)
        ... 4 more
Caused by: java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 32770
        at htsjdk.samtools.BinningIndexBuilder.processFeature(BinningIndexBuilder.java:136)
        at htsjdk.samtools.BAMIndexer$BAMIndexBuilder.processAlignment(BAMIndexer.java:194)
        at htsjdk.samtools.BAMIndexer.processAlignment(BAMIndexer.java:89)
        ... 5 more

可以在運行時加入--create-output-bam-index false 選項，不讓它創建bam文件的索引文件。

/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.2.2.0/gatk --java-options "-XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g " SplitNCigarReads -R /share/work/database/ref/Triticum_aestivum/IWGSC_v2.1/iwgsc_refseqv2.1_gene_annotation_200916/iwgsc_refseqv2.1_assembly.fa -I /share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/2.bam_process/CH.bam.dedupped.bam -O /share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/2.bam_process/CH.bam.split.bam --tmp-dir /share/nas1/renzx/project/zx-20210524-20_BSR_2xiaomai/ref/ann/9.SNP_Analysis/tmp --create-output-bam-index false

然后自己給bam文件創建索引。

samtools index -c CH.bam.split.bam

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