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miRNA靶基因查詢R包和網頁工具該怎么使用

發布時間：2021-12-09 09:16:24 來源：億速云 閱讀：151 作者：柒染 欄目：大數據

miRNA靶基因查詢R包和網頁工具該怎么使用，很多新手對此不是很清楚，為了幫助大家解決這個難題，下面小編將為大家詳細講解，有這方面需求的人可以來學習下，希望你能有所收獲。

我們多次介紹了關于miRNA的靶向基因的查詢工具，但是不少粉絲表示不明白這些東西是做什么的，現在就給一個示例，你把癌癥替換成為TCGA的另外33種癌癥，都是類似的分析策略，類似的寫作思路。

這樣的文章，你直接定位到材料與方法即可：
  • The DEMs targeted by DEMIs were identified and the negative correlation between DEMs and DEMIs was subjected to visualization.
  • The potential functions of DEMs targeted by DEMIs were annotated in Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database.
  • A total of 663 dysregulated DEMs (449 upregulated and 214 downregulated) and 33 DEMIs (24 upregulated and 8 downregulated) were identified in LSCC compared with normal controls.
  • 502 negative correlations between DEMIs and DEMs were identified and subjected to construct interaction network.
分別對mRNA和miRNA的表達矩陣，進行差異分析，分別拿到上下調的mRNA和miRNA的集合。然后使用miRWalk2來查詢mRNA和miRNA的調控關系，輸入數據是32個有差異的miRNA，預測到的這些靶mRNA，跟前面的差異MRNA進行交集，最后剩下502個mRNA和miRNA的調控關系。全文主要是差異分析的基因列表，熱圖以及mRNA和miRNA的的調控網絡圖。
我們介紹的關于miRNA的靶向基因的查詢工具，就在這里發揮了作用！

miRNA靶基因查詢R包和網頁工具該怎么使用

miRNA的靶向基因的查詢工具
也就是說，差異分析單純的作為數據挖掘的賣點已經不夠了，   早先可以走PPI網絡加上hub基因路線，現在可以走miRNA及其靶基因網絡路線。每個miRNA調控的基因，就可以網絡圖可視化如下：

miRNA靶基因查詢R包和網頁工具該怎么使用


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