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本篇內容介紹了“如何利用bedtools預測chip_seq數據的靶基因”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！
通常在分析peak區域對應的靶基因時，會選取轉錄起始位點TSS上下游一定長度的區域作為候選的靶基因范圍，本文介紹下如何利用bedtools來對peak與TSS區域的overlap情況進行分析，從而得到靶基因，可以分為以下幾步
以hg38為例，通過UCSC的FTP服務可以得到物種對應的refFlat文件，鏈接如下
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/
refFLat和refGene這兩個文件記錄的信息相同，refFlat文件列數更少，這里我們選擇下載refFlat.txt.gz, 該文件的內容如下所示
在原始文件中是沒有第一行的標題的，我手動添加的標題是為了方便描述每列的含義，從該文件中可以得到TSS位點信息。
bedtools要求輸入的文件格式為bed, gff, vcf等，這里我們需要把上述下載的原始文件轉換為bed格式，用法如下
awk '{print $3"\t"$5"\t"$5"\t"$2"\t"$1"\t"$4}' > hg38.tss.bed內容如下所示
bedtools windows和intersect的功能類似，都是用于求兩個區間A和B的交集，只不過window會在A區間的上下游加上一個可以自定義的長度之后，再與B區間求交集，原理示意如下
以TSS上下游5kb為例，用法如下
bedtools window -a hg39.tss.bed -b peak.bed -w 5000 -sm > overlap.txt
通過window這個命令，可以靈活的定義TSS上下游的區間，快速得到peak對應的靶基因。
“如何利用bedtools預測chip_seq數據的靶基因”的內容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站，小編將為大家輸出更多高質量的實用文章！
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