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這篇文章將為大家詳細講解有關DGVa數據庫有什么用,小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
DGVa是一個來自EBI的染色體結構變異數據庫,通過文獻整理和科研人員提交兩種方式,存儲了多個物種的染色體結構變異信息,網址如下
https://www.ebi.ac.uk/dgva
如下圖所示
該數據庫與NCBI的dbvar數據庫是合作關系,二者會及時的進行數據交換。該數據庫的信息可以通過EBI的基因組瀏覽器或者biomart系統進行查看,同時也提供了FTP下載功能。另外,該數據庫中的部分信息也導入到了DGV數據庫中。
和dbvar數據庫一致,該數據庫中的信息也分為了以下3個level
study,用std表示, 代表一個研究項目,該項目包含了一組結構變異分析結果,每個study有一個唯一的編號,如果來自NCBI,則以nstd開頭,如果來自EBI,則以estd開頭
variant regions, 用sv表示,代表存在結構變異的基因組區域,同樣有一個唯一的編號,如果來自NCBI,則以nsv開頭,如果來自EBI,則以esv開頭
variant calls, 用ssv表示,代表一個具體的結構變異事件,包含了缺失,重復,CNV等多種類型,同樣有一個唯一的編號,如果來自NCBI,則以nssv開頭,如果來自EBI,則以essv開頭
圖示如下
通過Biomart可以靈活的查看和下載DGVa的數據,示意如下
官網也提供了以study為單位的下載功能,示意如下
DGva和dbvar的數據是同步的,只不過下載的文件格式不同,DGVa提供的是GCF格式,而dbvar則提供了CSV,TSV,VCF等多種格式。
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