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DGV數據庫有什么用

發布時間:2022-01-15 15:49:52 來源:億速云 閱讀:828 作者:小新 欄目:大數據

小編給大家分享一下DGV數據庫有什么用,相信大部分人都還不怎么了解,因此分享這篇文章給大家參考一下,希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲,下面讓我們一起去了解一下吧!

DGV數據庫收錄了健康樣本中大于50bp以上的基因組結構變化信息。

數據庫的網址如下

http://dgv.tcag.ca/dgv/app/home

從NCBI dbVar和EBI DGVa兩個大型的基因組結構變異數據庫中,搜索正常樣本對應的研究結果,經過嚴格的質控之后,將相關數據存儲到DGV中來,數據構建的pipeline示意如下

DGV數據庫有什么用

目前該數據庫收錄了來自55個研究項目,兩百多萬個基因組結構變異信息,涵蓋了多項檢測技術的結果,如下圖所示

DGV數據庫有什么用

通過首頁的檢索框,可以方便的進行檢索,以CFTR為例,結果在gbrowser基因組瀏覽器中進行展示,示意如下

DGV數據庫有什么用

給出了給區域對應的結構變異信息,來自dbVar的是以nsv開頭的編號,來自DGVa的是以esv開頭的編號,該數據庫中收錄的是dgv開頭的編號,另外還有OMIM,  DECIPHER, UCSC segmental duplication等注釋信息。

該數據庫中收錄的CNV的長度如下所示

DGV數據庫有什么用

大部分集中在1-10kb左右,該數據庫作為一個正常樣本CNV的對照數據集,在進行疾病相關的CNV研究時,可以將與該數據庫中重疊的CNV去除,研究剩余的疾病患者特異性的CNV。

以上是“DGV數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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