溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章主要介紹了TSNAdb是一個什么數據庫，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
TSNAdb是一個腫瘤特異性新抗原的數據庫，從TCGA和TCIA數據庫中收集了16種腫瘤共7748個腫瘤樣本的體細胞突變和HLA alleles信息，然后分別使用NetMHCpan v2.8和NetMHCpan v4.0兩款軟件來預測突變的肽段與HLA之間的親和力
數據庫的網址如下
http://biopharm.zju.edu.cn/tsnadb
構建的pipeline 圖示如下
在原始分析結果的基礎上，提供了瀏覽，檢索，驗證和下載的功能。
通過基因名稱來查看相關的腫瘤新抗原，可以指定分析的軟件和腫瘤類型，檢索框示意如下
結果示意如下
通過基因名稱進行檢索，檢索框示意如下
檢索結果以熱圖進行展示，示意如下
熱圖中的每個格子代表突變的肽段與HLA alleles之前的結合親和性，親和性從低到高，顏色從黃色過渡到紅色，有顏色的單元格代表一個腫瘤新抗原，鼠標懸浮到對應的單元格上可以顯示突變，HLA Allel, 親和性數值等具體信息。
利用IEDB數據庫中提供的肽段與HLA親和性數據進行驗證，結果示意如下
將分析結果按照不同的腫瘤類型分開，示意如下
通過TSNAdb可以快速檢索腫瘤新抗原，分析查找多種腫瘤中共享的新抗原，有助于尋找新的免疫治療靶點。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“TSNAdb是一個什么數據庫”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
