溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章主要為大家展示了“PlncRNADB是一個什么數據庫”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“PlncRNADB是一個什么數據庫”這篇文章吧。
lncRNA在生命活動中發揮重要作用，不僅在哺乳動物中廣泛存在，在植物中也是存在的，目前植物中的lncRNA研究相對動物而言較少，只有水稻，楊樹，苜蓿，棉花等幾個物種有相關報導。
PlncRNADB是一個專注于分析植物中lncRNA的數據庫，網址如下
http://bis.zju.edu.cn/PlncRNADB/index.php
整個數據庫構建的流程分為三步，示意如下
從GEO數據庫中采集物種對應的RNA_seq測序reads, 通過tophat+cufflinks的策略組裝得到轉錄本序列；
首先去除長度小于200nt的轉錄本，然后過濾掉ORF長度大于120AA的轉錄本，最后通過CPAT軟件預測轉錄本的蛋白編碼潛能，從而識別lncRNA轉錄本；
識別到lncRNA之后，通過catRAPID在線服務預測lncRNA和蛋白之間的相互作用；
該數據庫共包含了以下4個物種的lncRNA信息
Arabidopsis lyrata
Arabidopsis thaliana
Populus trichocarpa
Zea mays
以擬南芥為例，通過Noncoding RNAs可以查看具體的lncRNA信息，示意如下
點擊Entry可以查看詳細信息，包含了染色體定位，序列， 表達譜等數據，示意如下
通過導航欄的lncRNA菜單，可以預測lncRNA，上傳fasta格式的序列，然后選擇對應的閾值即可，示意如下
通過導航欄的Network菜單，可以查看lncRNA和蛋白質之間的相互作用，示意如下
點擊Entry可以查看可視化結果，示意如下
通過導航欄的SNP菜單，可以查看位于lncRNA上的SNP位點，示意如下
這個數據庫提供了一種研究植物中lncRNA的思路，其預測lncRNA序列和lncRNA-protein相互作用的方法值得借鑒。
以上是“PlncRNADB是一個什么數據庫”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
