溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章主要為大家展示了“miRWalk是什么數據庫”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“miRWalk是什么數據庫”這篇文章吧。
miRWalk是一個綜合性的miRNA靶基因數據庫，收錄了人，小鼠等多個物種的miRNA靶基因信息，和mirDIP類似，也是一個整合型數據庫，整合了來自miRDB, TargetScan, miRTarBase等數據庫中的信息，網址如下
http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
該數據庫中共包含以下5個物種的miRNA靶基因信息
human
mouse
rat
dog
cow
官網提供了兩種檢索功能
檢索框如下
對于miRNA, 支持mirBase數據庫中的ID和編號，也支持miRNA family的名字。
對于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多種格式，也支持輸入對應的轉錄本ID, 比如Refseq和Ensembl數據庫中的轉錄本ID。
檢索結果如下所示
頁面非常簡潔，只有一個結果下載的功能。
檢索框如下
支持一次檢索多個miRNA或者Genes，適用于分析轉錄組數據得到的差異gene/miRNA對應的靶標信息，也支持按照pathways進行檢索，適用于直接從功能角度研究某條通路下的靶標信息。
以Genes為例， 檢索結果如下
最上方的下拉列表，可以對結果進行篩選，即可以篩選多個數據庫中共有的靶基因信息，也支持根據結合區域所在位置和score值進行篩選。
除了結果導出外，還提供了miRNA和靶基因之間的調控網絡可視化功能Graph和基因集富集功能GSEA。
對于Graph而言，結果示意如下
用黃色代表miRNA, 藍色代表gene, 支持導出為SVG, PNG, JPG等格式。
對于GSEA而言，支持以下功能的富集分析
reactome pathway
kegg pathway
Gene ontology
結果示意如下
相比mirDIP, miRWalk提供的物種更多，而且調控網絡的可視化和GSEA富集功能也非常的實用，但是由于整合的數據集較少，如果只是分析human中的miRNA靶基因信息，用mirDIP會更加全面一些。
以上是“miRWalk是什么數據庫”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
