如何使用cBioPortal查看TCGA腫瘤數據

這篇文章主要講解了“如何使用cBioPortal查看TCGA腫瘤數據”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“如何使用cBioPortal查看TCGA腫瘤數據”吧！

cBioPortal整合了來自TCGA,CCLE以及幾個獨立的大型腫瘤研究項目的數據，構建了一個易于使用的網站，不需要有深厚的計算機功底，也可以通過該網站查詢，分析，可視化腫瘤的相關結果。

針對該網站的使用，官方專門發布了對應的文章，鏈接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4160307/

該網站的網址如下

http://www.cbioportal.org/

在該網站中，存儲了腫瘤的多種組學數據，列表如下

1. somatic mutations

2. DNA copy-number alterations(CNAs)

3. mRNA/miRNA expression

4. DNA methylation

5. protein abundance

6. phosphoprotein abundance

   
   

將每個腫瘤研究的相關結果作為一個study, 可以方便的針對一個或者多個study的數據進行探究。以探究單個study的分析結果為例，過程如下

需要經過4個步驟，第一步選擇感興趣的study,第二步選擇需要查看的組學數據，在一個study中，可以包含突變， CNV, 表達譜等多種組學數據，支持篩選其中的部分數據進行查看，第三步對樣本進行選擇，在數據庫中有定義好的樣本列表，也支持自定義，第四步選擇需要查看的基因，數據庫中已經有定義好的腫瘤中研究的通路對應的基因列表，當然也支持自定義了，圖示如下

經過上述四步之后，點擊submit query就可以查看結果了。以下列study為例，

Breast Invasive Carcinoma (TCGA, Cell 2015)

結果頁面包含的內容如下

1.  OncoPrint

以熱圖的形式展現樣本中mutations和CNAs的分布情況，每一行為一個基因，每一列代表一個樣本，示意如下

2.  Cancer Type Summary

以堆積柱狀圖的形式，展示mutations和CNAs的構成，示意如下

3. Mutual Exclusivity

將一個基因上存在變異的樣本個數作為一個集合，通過對兩個基因對應的集合進行分析，來分析兩個基因在腫瘤中的是互斥還是共發生，結果示意如下

4.  Plots

通過多組學數據對樣本的分布進行可視化，結果示意如下

5. Mutations

查看每個基因上突變位點的詳細信息，示意如下

6. Co-expression

根據基因表達量的數據，分析共表達的基因，結果示意如下

7. Enrichments

富集分析的結果，示意如下

8. Survival

根據在查詢基因上有無變異將樣本分為兩類，比較兩類樣本生存數據的差異，結果示意如下

9. CN Segments

通過IGV基因組瀏覽器，查看CNAs在染色體上的分布情況，示意如下

10. Network

展示基因的相互作用網絡，示意如下

11. Download

下載數據，示意如下

cBioPortal功能非常的強大，更多用法請參考官方的幫助文檔。

感謝各位的閱讀，以上就是“如何使用cBioPortal查看TCGA腫瘤數據”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對如何使用cBioPortal查看TCGA腫瘤數據這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！