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這篇文章給大家介紹如何進行TCGA數據庫的分析，內容非常詳細，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。
TCGA全稱如下
The Cancer Genome Atlas
是由National Cancer Institute ( NCI, 美國國家癌癥研究所) 和 National Human Genome Research Institute (NHGRI, 國家人類基因組研究所) 合作建立的癌癥研究項目，通過收集整理癌癥相關的各種組學數據，提供了一個大型的，免費的癌癥研究參考數據庫。
目前共收錄了33種癌癥類型，超過了2個PB的數據，該數據是免費公開的，極大的幫助癌癥研究者提高對癌癥的預防，診斷和治療。該數據庫的網址如下
https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga
數據類型包括以下幾種
RNA sequencing
MicroRNA sequencing
DNA sequencing
SNP-based platforms
Array-based DNA methylation sequencing
Reverse-phase array(RPPA)
涵蓋了基因組，轉錄組，表觀遺傳，蛋白組等各個組學數據，提供了一個全方位，多維度的數據。 官方提供了對應的下載工具Genomic Data Commons Datga Portal, 簡稱GDC, 網址如下
https://portal.gdc.cancer.gov/
同時還有很多的第三方工具，比如
cBioPortal
ForeBrowse
UCSC Xena
官方的工具主要功能是查看和下載數據，只有非常簡單的分析功能，而第三方工具則側重于基于TCGA的數據進行分析。目前針對TCGA的數據，常用的分析包括以下幾種
生存分析
腫瘤患者和正常人的差異分析
組學數據和臨床數據的相關性
基于TCGA等公共數據庫的挖掘是目前研究的一個熱點，在文章中也經常會使用TCGA的數據來和自己實際的數據相互映證。了解和掌握TCGA數據的用法勢在必行，在后續文章中會詳細介紹。
關于如何進行TCGA數據庫的分析就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，可以學到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。
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