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這篇文章主要講解了“如何使用TADbit識別拓撲關聯結構域”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“如何使用TADbit識別拓撲關聯結構域”吧！
TADbit是一個hi-c數據分析的軟件，提供了從原始數據處理到染色質三維模型構建的完整功能，對應的文章鏈接如下
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5540598/
該軟件的pipeline如下圖所示
總體分成以下3個功能模塊
FASTQ
Interacton Matrix
3D Models
第一個模塊從原始的fastq文件開始，對序列進行質量過濾，采用GEM軟件將clean reads比對參考基因組，然后進行篩選，構建原始的交互矩陣，并進行歸一化處理，得到歸一化之后的交互矩陣。
第二個模塊用于可視化hi-c交互矩陣，并且可以在交互矩陣的基礎上，識別TAD拓撲關聯結構域，對TAD進行可視化，聚類等分析。
第三個模塊用于構建染色質三維構象的模型，并進行結構分析。
本文簡單整理下第二個模塊的具體用法，詳細步驟如下
該軟件采用python進行開發，采用了面向對象的編程思想，首先要做的就是構建一個object, 構建的過程中需要對應的hi-c交互矩陣, 軟件自帶的測試數據集包含了以下兩個hi-c矩陣
HIC_gm06690_chr19_chr19_100000_obs.txt
HIC_k562_chr19_chr19_100000_obs.txt
對應GM06690和K562兩種細胞系19號染色體100kb分辨率下的交互矩陣。基于這兩個交互矩陣構建對象并可視化的代碼如下
可視化的效果圖如下
有兩種可視化的策略，第一種是在hi-c的熱圖上用矩形標記TAD區域，第二種稱之為density plot, 用法如下
熱圖標記TAD之后的效果圖如下
density plot的效果圖如下
將多個細胞或組織的TAD進行比較，可以分析其位置是否具有保守性。用法如下
效果圖如下所示
TADbit的用法簡單，可視化效果也很棒，唯一的缺點就是安裝特別費勁。
感謝各位的閱讀，以上就是“如何使用TADbit識別拓撲關聯結構域”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對如何使用TADbit識別拓撲關聯結構域這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！
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