HiCPlotter工具有什么用

這篇文章將為大家詳細講解有關HiCPlotter工具有什么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。

HiCPlotter是一款命令行工具，用來展示Hi-C的交互矩陣。除了基本的用熱圖展示交互矩陣外，還支持添加基因結構，chip_seq等二維數據的注釋信息，網址如下

https://github.com/kcakdemir/HiCPlotter

對于交互矩陣，支持多種格式

1. 通用格式

Hi-C交互矩陣以bin為單位，每行和每列都代表一個bin, 對應單元格的數值反映兩個bin之間相互作用的頻率。通用格式如下所示

Bin1    Bin2    Bin3    Bin4    Bin5    Bin6
7.85957    4.80329    11.4766    9.57416    4.5288    8.55022
8.61621    4.98956    2.35654    5.69483    11.1187    10.1322
4.06803    4.07801    7.98047    2.59144    6.3851    7.74306
4.52869    2.70624    8.94544    4.29185    8.29491    8.38257

#開頭的行以及第一行都被當做是注釋信息，會被忽略掉。

2. HiC-Pro專用格式

HiC-Pro為了解決傳統的交互矩陣太大的問題，專門制定了一種新的格式，如下所示

1050    1586    1
1050    1589    1
1050    1590    1 (jumps to 1612)
1050    1612    2

共三列，前兩列對應bin的編號，第三列的數字代表兩個bin之間交互作用的頻率，不存在相互作用的bin就不會記錄在該文件之中。除了這個文件，還需要下列文件

chr1    20960000    20980000    1049
chr1    20980000    21000000    1050
chr1    21000000    21020000    1051
chr1    21020000    21040000    1052
chr1    21040000    21060000    1053
chr1    21060000    21080000    1054
chr1    21080000    21100000    1055

給出了每個bin編號對應的染色質位置，通過這兩個文件就可以完整描述描述染色質交互信息了。

軟件的基本用法如下

python 、\
HiCPlotter.py \
-f matrix.txt \
-n hES \
-chr chr21 \
-r 40000 \
-o default1 \

-f參數指定輸入的Hi-C交互矩陣，-n指定交互矩陣熱圖的標題名稱，-chr指定要畫的染色質的名稱，-r指定對應的分辨率，-o指定輸出文件的前綴, 結果示意如下

對于HiC-Pro的輸出格式，用法如下

python \
HiCPlotter.py \
-f matrix.txt \
-tri 1 \
-bed bin.bed \
-chr chr7 \
-o Example \
-r 40000 \
-n hES

-tri 1聲明輸入的交互矩陣的格式是HiC-Pro的輸出格式，-bed指定bin編號對應的染色質位置文件，其他參數和基本用法相同。

該軟件支持同時可視化多個交互矩陣，用法如下

python \
HiCPlotter.py \
-f matrix1.txt matrix2.txt matrix3.txt \
-n name1 name2 name3 \
-chr chr6 \
-r 40000 \
-o example

對應的-f和-n參數為空格分隔的多個參數，結果示意如下

除了上述基本用法，還可以添加注釋信息，比如基因結構，對應chip_seq數據等，結果示意如下

此時需要輸入各種注釋信息對應的文件，對于不同的注釋信息，要求的格式不同，更多的細節請參考官方文檔。

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