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Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

發布時間:2021-12-29 15:22:57 來源:億速云 閱讀:218 作者:柒染 欄目:大數據

今天就跟大家聊聊有關Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析,可能很多人都不太了解,為了讓大家更加了解,小編給大家總結了以下內容,希望大家根據這篇文章可以有所收獲。

對于chip_seq的數據,我們可以通過UCSC, igvtools等基因組瀏覽器來展示和查看相應的數據,而對于三維基因組學的結果信息,這些二維基因組瀏覽器就不能夠有效的進行展示了。隨著三維基因組學的發展,相關的可視化軟件也越來越多, 3D Genome Browser就是其中一個,是一個用于展示三維基因組學數據的在線網站,可以展示以下多種信息

  1. Hi-C

  2. ChIA-PET

  3. Capture Hi-C


對于Hi-C數據,可以查看已發表的公共數據集的結果,也可以展示自己的數據分析結果,通過如下所示的步驟,選擇展示的數據和對應的染色質區域

Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

結果示意如下

Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

除了展示單一的Hi-C數據,還支持導入UCSC或者Epigenome 基因組瀏覽器中的chip_seq, RNA_seq等二維結果。在下圖所示的紅框出輸入數據的URL鏈接

Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

然后點擊update即可,支持同時展示多個二維數據集,結果示意如下

Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

該網站也提供了Promoter Capture Hi-C數據的展示,但是只支持公共數據集,通過下圖所示的步驟選擇對應的數據集

Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

展示結果示意如下

Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析

看完上述內容,你們對Hi-C數據可視化工具Genome Browser的實例分析有進一步的了解嗎?如果還想了解更多知識或者相關內容,請關注億速云行業資訊頻道,感謝大家的支持。

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