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這篇文章主要為大家展示了“DENdb數據庫有什么用”，內容簡而易懂，條理清晰，希望能夠幫助大家解決疑惑，下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“DENdb數據庫有什么用”這篇文章吧。
DENdb采用5種不同的方法對人類不同細胞系中的增強子進行了預測，同時還提供了增強子區域與DNA內切酶超敏位點，轉錄因子結合區域的overlap信息，該數據庫網址如下
http://www.cbrc.kaust.edu.sa/dendb/index.php
采用的5種方法列表如下
ChromHMM
Segway
RFECS
CSI-ANN
ENCODE integrated annotation
該數據庫中不同細胞系預測到的增強子數量匯總如下
每種方法對應的增強子數量統計如下
目前該數據庫的檢索功能已經失效了，只能從下載的文件中查看增強子的相關信息，從下載的enhancers.csv.zip文件中，可以查看每種細胞系中增強子的區間信息，部分文件內容示意如下
從下載的dnase.csv.zip文件中，可以得到DNAse_seq鑒定到的DNAse酶超敏位點，部分文件內容示意如下
從下載的enhancer_dnase.csv文件中，可以得到增強子與DNase酶超敏位點的交集信息，部分文件內容示意如下
類似的從下載文件也可以得到TFBS以及增強子與TFBS的交集信息，同時還提供了增強子靶基因信息，根據enhancer_targets.tsv.zip文件可以得到該信息，部分文件內容示意如下
該數據庫中的增強子區間信息是基于hg19版的基因組來定位的， 其預測增強子區間的方法值得借鑒。
以上是“DENdb數據庫有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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