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今天就跟大家聊聊有關circPrimer中環狀RNA注釋和引物設計工具，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結了以下內容，希望大家根據這篇文章可以有所收獲。
根據RNA_seq數據預測環狀RNA的軟件很多，但是提供環狀RNA注釋的工具比較少。circPrimer是一款能夠進行環狀RNA注釋的軟件, 輸入環狀RNA的基因組位置，可以確定其來源基因，提取基因組和轉錄本序列，并設計引物用于驗證環狀RNA
該軟件提供了圖形界面，操作簡便，經典的應用場景如下
如下所示，輸入環狀RNA的基因組區域，點擊Annotate按鈕，可以查看環狀RNA的來源基因和序列構成
選擇對應的基因組版本，通過circRNA SEQ可以提取環狀RNA對應的DNA/RNA序列。也支持輸入circBase中的環狀RNA ID或者來源基因gene symbol, 此時點擊circBase按鈕，會從該數據庫中檢索，并在右側面板給出對應的環狀RNA結果。
鼠標點擊檢索出的環狀RNA，可以看到如下所示的可視化結果
得到RNA序列之后，勾選Divergent primer和check primer單選框，可以查看對應的引物序列，結果如下所示
圖形界面的工具，操作更加簡便，缺點就是只適用于human這個物種的環狀RNA注釋。
看完上述內容，你們對circPrimer中環狀RNA注釋和引物設計工具有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注億速云行業資訊頻道，感謝大家的支持。
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