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這篇文章給大家分享的是有關TSCD數據庫有什么用的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
TSCD是Tissue-Specific CircRNA Database的簡寫,通過軟件預測人和小鼠不同組織中的環狀RNA,然后去尋找組織特異性的環狀RNA。該數據庫網址如下
http://gb.whu.edu.cn/TSCD/
從ENCODE和GEO這兩個公共數據庫中收集人和小鼠不同組織的轉錄組測序數據，然后利用以下3款軟件識別其中的環狀RNA
find_circ
CIRI
circRNA_finder
選取三款軟件的并集作為最終的結果,為例降低假陽性率，只保留junction reads個數大于2的環狀RNA。采用上述策略檢測到所有組織中的環狀RNA之后，接下來就可以識別組織特異性的環狀RNA。
該數據庫中,將只在某一個組織中表達的環狀RNA定義為組織特異性的環狀RNA, 簡稱TS circRNA,示意如下
識別到TS circRNA之后，后續還進行了以下3種分析
篩選表達量高的TS circRNA, 對其來源基因進行GO富集分析
預測miRNA結合位點，從環狀RNA頭尾各取50bp序列，用targetscan來預測這100bp序列上的miRNA結合位點
預測蛋白結合位點，從starbase數據庫下載CLIP-Seq的數據，同樣分析頭尾個50bp區域上的蛋白結合位點
將以上所有的結果整合起來，就構建成了TSCD數據庫，整個數據庫構建的流程示意如下
官網提供了不同基因組版本供我們查閱，示意如下
點擊Gene Symbol,可以查看該環狀RNA在不同組織中的表達量，示意如下
點擊MRE可以查看環狀RNA可以結合的miRNA,示意如下
點擊RBP可以查看環狀RNA可以結合的蛋白,示意如下
該數據庫不僅提供了一個環狀RNA的集合，還提供了MRE,RBP等對應的功能注釋信息。
感謝各位的閱讀！關于“TSCD數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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