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這篇文章主要介紹了Lnc2Catlas數據庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
lnc2Catlas是一個腫瘤相關的lncRNA數據庫，網址如下
https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/
通過以下三種計算方式來分析腫瘤相關的lncRNA
通過RNAsnp預測SNP對lncRNA二級結構的影響，如果一個疾病相關的SNP位點位于某個lncRNA上，并且引起了lncRNA二級結構的改變，則認為該lncRNA與腫瘤有關
通過MaalCards和其他數據庫分析lncRNA與protein之間的相互作用，如果一個lncRNA的互作蛋白與腫瘤相關，則認為該lncRNA也與腫瘤相關
通過lncRNA與mRNA共表達網絡，利用TCGA數據庫中的腫瘤表達譜數據，構建lncRNA-mRNA共表達網絡，然后進行commmunity分析，得到高度相關的lncRNA與mRNA的集合，并進行后續的富集分析
目前該數據庫中共收錄了33種腫瘤，27670個lncRNA轉錄本的信息，通過Browse按鈕，可以按照腫瘤類型查看相關信息，以乳腺癌為例，結果如下
每個子網是從利用總的共表達網絡進行community分析的結果，示意如下
通過Search按鈕，可以根據lncRNA id, snp id, 疾病名字對數據庫進行檢索，以lncRNAENST00000604692.1為例，包含了以下幾種信息
包含lncRNA Id, 染色體定位，序列，二級結構等信息，示意如下
對于共表達網絡中的cluster, 還提供了GO富集分析結果，示意如下
該數據庫提供了下載功能，示意如下
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“Lnc2Catlas數據庫有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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