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這篇文章主要介紹了CANTATAdb數據庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
CANTATAdb數據庫收錄了植物中的lncRNA信息，主要通過l軟件預測的方式識別植物中的lncRNA, 目前包含來自39個物種共239631個lncRNA，是目前最大的植物lncRNA數據庫，網址如下
http://yeti.amu.edu.pl/CANTATA/
通過從NCBI的SRA和EBI的ENA數據庫中收集植物的RNA_seq數據，通過比對組裝得到轉錄本序列，然后通過CNCI軟件來預測lncRNA。
通過導航欄的Search菜單，可以從下拉列表中選擇感興趣的物種，查看對應的lncRNA信息，以水稻Oryza sativa為例，檢索框示意如下
可以通過CNCI軟件預測結果，肽段長度，表達量，外顯子個數等參數對結果進行篩選。網頁的第二部分展示的是篩選后的結果總數，示意如下
第三部分為最終結果，示意如下
在該數據庫中，每個轉錄本ID以CNCT開頭，給出了染色體位置，CNCI軟件的打分值，和swiss-prot蛋白數據庫比對的結果，最大肽段長度，最大表達量，外顯子個數等信息，點擊Details可以查看以下詳細信息
該數據庫中的lncRNA信息是可以免費下載的，提供了FASTA和GTF兩種格式，示意如下
該數據庫中收錄的物種是最多的，做植物lncRNA研究的可以關注下這個數據庫。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“CANTATAdb數據庫有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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