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這篇文章主要介紹了LncMAP數據庫有什么用,具有一定借鑒價值,感興趣的朋友可以參考下,希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲,下面讓小編帶著大家一起了解一下。
轉錄調控對疾病的影響是研究的熱點之一,除了研究轉錄因子和TF之間這種直接的調控作用,科學家發發現lncRNA也可以參與轉錄調控,通過lncRNA-TF-gene的調控網絡。
LncMAP數據庫收集整理了20多種腫瘤中相關的lncRNA-TF-gene調控網絡信息,網址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncMAP/index.jsp
腫瘤類型和對應的lncRNA調控網絡數量統計圖示如下
通過LncRNA-TF-Gene Tripet可以檢索對應的調控網絡,檢索框如下所示
選擇腫瘤類型,然后輸入lncRNA, TF, Target gene中的任意一個都可以,以PVT1
這個lncRNA為例,檢索結果如下
每一行代表一個lncRNA-TF-gene三角關系對,點擊Network
按鈕,可以查看對應的網絡圖,示意如下
點擊more
按鈕,可以查看詳細信息,包括lncRNA,TF, gene在腫瘤患者和正常人中的表達量
與之類似的,還提供了Drug-lncRNA, TF-gene之間的相互作用網絡,通過對應的導航欄都可以方便的查找結果,展示形式和上面的lnRNA-TF-gene基本相同。
數據庫中的信息是開發團隊基于TCGA數據庫中的轉錄組表達譜數據分析得到的,通過在線服務,我們可以方便的查看所有的lncRNA-TF-Gene調控網絡結果。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章,希望小編分享的“LncMAP數據庫有什么用”這篇文章對大家有幫助,同時也希望大家多多支持億速云,關注億速云行業資訊頻道,更多相關知識等著你來學習!
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