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lnc2Cancer數據庫有什么用

發布時間:2022-01-17 09:45:00 來源:億速云 閱讀:124 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要為大家展示了“lnc2Cancer數據庫有什么用”,內容簡而易懂,條理清晰,希望能夠幫助大家解決疑惑,下面讓小編帶領大家一起研究并學習一下“lnc2Cancer數據庫有什么用”這篇文章吧。

lnc2Cancer是一個從文獻中收集整理的人類lncRNA相關腫瘤信息的數據庫,網址如下

http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/

目前最新版本是v2.0, 相比v1.0, 收錄的lncRNA數量,腫瘤亞型數量,lncRNA與腫瘤相關聯的數量都顯著增長,示意如下

lnc2Cancer數據庫有什么用

在該數據庫中,將lncRNA與腫瘤的關系分成了以下類別

  1. Circulating lncRNA-cancer

  2. Prognositc lncRNA-cancer

  3. Drug resistant lncRNA-cancer


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根據患病與治療的不同階段,分成了腫瘤發生期,預后,抗藥性3個方面;同時,還給出了文獻中報導的,調控lncRNA的其他分子信息,包括以下幾種

  1. TF

  2. miRNA

  3. variant

  4. methylation


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通過Browser功能,可以根據lncRNA或者cancer查看相關結果,以HOTAIR這個lncRNA為例,結果如下

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不僅給出了相關疾病的名稱,文獻,還給出了驗證的方法,表達趨勢等信息,點擊details, 可以進一步查看具體的細節。

對于文獻中采用的NGS數據,可以通過HIGH-THROUGHPUT查看,示意如下

lnc2Cancer數據庫有什么用

通過對應的GEO編號,可以下載到原始數據,可以方便我們基于別人已有的數據去進行分析。

該數據庫的數據是免費下載的,示意如下

lnc2Cancer數據庫有什么用

相比lncrnadisease數據庫,ln2Cacner專注腫瘤領域,而且做了細致的劃分,同時也提供了相關的TF, miRNA, SNP,  甲基化等信息。


以上是“lnc2Cancer數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!相信大家都有了一定的了解,希望分享的內容對大家有所幫助,如果還想學習更多知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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