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這篇文章主要介紹了miRanda和mirSVR工具有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
預測miRNA結合位點的工具很多，以TargetScan為代表的工具，利用結合位點的保守性進行預測，對于大部分保守的結合位點而言其準確性較好，然而還是有部分miRNA結合位點是非常規的，在物種間并不保守，對于這部分位點的預測，就需要在算法上進行改進。
miRanda軟件通過以下兩個因素來判斷miRNA結合位點
miRNA和mRNA間的序列互補匹配程度
形成的復合結構的自由能
示意圖如下
直接根據序列匹配的打分值和對應的自由能來評估結合位點的可能性，由于不依賴結合位點的保守性，能夠更加廣泛的評估miRNA結合位點。
mirSVR是一套打分機制，通過一個回歸模型對miRanda預測出來的結合位點進行打分，分值越低該結合位點越可靠。
開發者通過miRanda和mirSVR, 預測了人，小鼠等5個常見物種的miRNA集合位點信息，并將結果整理成了數據庫，網址如下
http://www.microrna.org/microrna/home.do
該數據庫中包含的物種和miRNA數量匯總如下
支持根據miRNA或者mRNA對數據庫進行檢索，檢索結果示意如下
可以看到，軟件預測的結果是非常多的，一個miRNA有幾千個候選的靶基因。點擊view targets可以看到對應的靶基因列表和mirSVR值。
該數據庫是免費下載的，同時還提供了miRanda軟件的下載，但是對于mirSVR打分系統的源代碼，目前還沒有提供。
miRanda軟件的基本用法如下
miranda miRNA.fa genome.fa \ -sc 150 \ -en -7 \ -out target.txt
第一個參數為miRNA的序列，第二個參數為基因組序列，比如轉錄本對應的3’UTR序列，-sc指定序列比對打分的閾值，小于該閾值的結合位點會被過濾掉，-en指定自由能的閾值，結果必須小于該閾值才可以。
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“miRanda和mirSVR工具有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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