MirSNP數據庫有什么用

這篇文章主要介紹MirSNP數據庫有什么用，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

在SNP研究領域，通過GWAS或者eQTL等手段，發現了大量與疾病或者某種復雜性狀相關的SNP位點，而這些SNP的具體功能還需要進一步分析和挖掘。有科學家發現，SNP位點可以通過影響miRNA,從而引起疾病的發生與發展，所以研究miRNA相關的SNP位點是非常有意義的。

MirSNP數據庫就是一個存儲了miRNA相關SNP位點的數據庫，網址如下

http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/

該數據庫中包含兩種miRNA相關的SNP位點，一種是位于pre-miRNA的gene上的SNP位點，這些SNP位點直接對miRNA的生成產生影響，分析過程示意如下

直接根據miRNA前體基因的染色體位置進行查找，篩選出位于該區域的SNP位點。

另外一種就是一開始討論的位于miRNA集合區域的SNP位點，這些SNP位點可能會對miRNA與mRNA的結合造成影響, 分析過程示意如下

根據miranda軟件預測的miRNA結合區域信息，查找位于結合區域內的SNP位點。

官網提供了多種檢索功能，以single search為例進行說明，搜索框如下

支持Gene, mRNA, SNP, miRNA多種查詢數據，可以根據不同人群中的MAF頻率對SNP位點進行篩選，Bingding map會顯示miRNA和mRNA結合區域的詳細信息， 檢索結果如下所示

mirSVR是mirRanda軟件給出的miRNA結合的打分值，Effect是分析SNP位點對miRNA集合的影響，create代表SNP發生導致mRNA上擁有了miRNA結合位點，enhance代表SNP發生導致了miRNA結合區域更加穩定，break代表SNP發生會導致失去了miRNA結合位點，decrease代表SNP發生導致miRNA集合區域穩定性下降。

Score值是miRanda給出的miRNA結合區域穩定性的打分，數值越大，代表miRNA與mRNA結合形成的復合體結構越穩定，Energy代表復合體的自由能，conservation代表結合區域保守性的打分。

這個數據庫依賴的miRBase, dbSNP數據庫的版本示意如下

在現在看來，版本都比較舊了，但是它的分析思路仍然值得參考，我們可以利用新版本數據庫中的信息，自己整理出miRNA相關的SNP位點信息。

以上是“MirSNP數據庫有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！希望分享的內容對大家有幫助，更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！