mirDIP數據庫有什么用

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miRNA靶基因預測是研究miRNA功能機制必經的一個環節，現有的相關軟件和數據庫非常多，然而不同軟件的算法各有優劣，在不同數據庫之間的交叉檢索費時費力，所以需要一個整合多個數據庫和軟件資源的集成型數據庫，mirDIP就是在這樣的驅動下產生，集成了30個來源數據庫中human相關的靶基因信息，網址如下

http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp

在Statistics頁面，可以看到詳細的來源數據庫和對應的數據量信息，示意如下

可以看到，去除冗余之后，共包含27667個基因，2586個miRNA, 約152萬條miRNA-target gene信息。

mirDIP不僅僅是做了一個簡單的數據整理和去冗余工作，對于來自多個數據庫中的靶基因信息，首先對其進行了歸一化。將所有靶基因按照可信度從高到底排列，將其歸一化到0到1這個區間，0代表可信度最高，1代表可信度最差， 然后利用各個數據庫中歸一化之后的數值，給出一個總的打分值，公式如下

就是用1減去各個數據庫中歸一化之后的數值的乘積，根據靶基因對應的score值，劃分成了4個范圍，示意如下

按照score從大到小排序，前1%稱之為Very High, 接下來依次為High, Medium, Low。

官網提供了以下3種檢索方式，可以靈活選擇

1. Undirectional search

這種方式直接檢索mirDIP中整理好的非冗余數據集，可以根據miRNA ID或者gene symbol進行檢索，檢索結果示意如下

2. Bidirectional search

這種方式可以根據特定來源數據庫對結果進行篩選，示意如下

3. miRNA-gene matrix

這種方式采用matrix的形式展示多個miRNA或者gene的靶基因結果，示意如下

在最后一列會給出共有的miRNA個數，可以用于分析多個miRNA共有的靶基因。

檢索結果可以下載，在檢索框下方的工具條可以選擇下載的格式，支持CSV和TAB兩種格式，示意如下

該數據庫可以免費下載，而且提供了API服務，可以方便的獲取數據。

該數據庫為miRNA靶基因數據的整合提供了一個良好的參照，可以采用相同的思路來整理小鼠，大鼠等常見物種的靶基因數據庫。

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