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這篇文章主要介紹HPRD數據庫有什么用,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!
HPRD全稱Human Protein Reference Database, 是一個專門存儲人類蛋白質相互作用信息的數據庫,和其他同類數據庫相比,該數據庫中存儲的蛋白質互作信息都是經過實驗驗證的,而且數量上有明顯優勢。該數據的網址如下
http://hprd.org/index_html
在文獻中,對HPRD和其他數據庫進行了比較,結果如下
圖片A表示不同數據庫中存儲的人類蛋白質相互作用的數據,從柱狀圖上可以明顯看到,HPRD的數據量最大,而且冗余的信息很少;圖片B表示不同數據庫中蛋白相互作用數量的分布,從圖中可以看到,每個階段都是HPRD最佳。
除了數據質量和數量上的優勢,HPRD還提供了蛋白質的表達譜,分類,結構域,亞細胞定位,轉錄后修飾,通路等其他信息,該數據庫最新版為release 9, 其中的信息統計如下
通過Query
, 可以檢索某個蛋白質的相關信息,示意如下
在檢索結果頁面,可以看到該蛋白質各種注釋信息,示意如下
即包括分子量,序列等基本信息,也包括亞細胞定位,蛋白結構域,相互作用,GO注釋等信息。
通過Browse
功能,可以查看指定類別的蛋白質信息,示意如下
可以根據分子類別,轉錄后修飾,亞細胞定位,結構域等信息進行篩選和查看。
該數據庫的信息是可以下載的,但是只是學術免費, 示意如下
對于蛋白質相互作用的信息,提供了Tab
和XML
兩種格式供下載。
通過該數據庫我們可以方便的查詢某個蛋白的相互作用網絡,但是對于多個蛋白間的相互作用網絡,只能自己從下載的數據文件中處理得到。
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