eggNOG數據庫有什么用

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直系同源蛋白的預測在系統發育，比較基因組學等多個領域都占用重要地位，COG數據庫開創了同源蛋白數據庫的先河，后續又不斷有新的數據庫涌現，而eggNOG就是目前使用最廣泛的數據庫之一。

官網如下

http://eggnogdb.embl.de/#/app/home

eggNOG全稱evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous, 在COG算法的基礎上進行了拓展和延伸，采用基于圖狀結構的非監督聚類算法，構建了真核，原核，病毒等不同物種的同源蛋白簇。

該數據庫最新版本為eggNOG 4.5.1, 涵蓋了2031種真核和原核生物，352種病毒，構建了19萬個同源蛋白簇。

和COG類似，eggNOG對于orthology group的功能也進行了分類整理，每個類別用一個字母表示，在以下鏈接可以查看具體的分類信息

http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/COG_functional_categories.txt

COG數據庫中提供了26種分類，eggNOG中提供了25種分類，缺少了如下類別

X    Mobilome: prophages, transposons

其他的分類和COG數據庫完全一致。在官網的搜索框中可以對OG編號進行檢索

COG5157的檢索結果如下

在檢索結果中，可以查看該orthology group下包含的蛋白序列和物種信息，也可以下載對應的序列。除此之外，還提供了GO, KEGG， pfam， SMRT等相關的功能注釋信息。

除了在線檢索外，官方還提供了API服務，方便程序抓取對應數據，示例如下

http://eggnogapi.embl.de/nog_data/text/fasta/ENOG410ZSWV

通過以上API鏈接，可以獲得ENOG410ZSWV這個orthology group下的所有蛋白序列，更多用法請參考官方文檔。

官網還提供了以下兩種注釋服務

1. search

一次只支持一條序列的查詢，輸入fasta格式的蛋白序列，選擇對應物種即可

2. eggNOG-mapper

支持多條序列的NOG注釋，提供了在線服務，也可以下載軟件到本地運行。

支持diamond和hmmer兩種比對軟件，當序列條數少于1000條時，選擇hmmer，當序列多余1000條時，選擇diamond, 速度更快。本地版的eggNOG-mapper 的安裝和使用可以參考如下文檔

https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper/wiki

官網提供了下載服務，可以下載完整數據庫，也可以根據物種挑選合適的子數據庫進行下載，示意如下

通過eggNOG數據庫，我們可以對新的蛋白序列進行同源蛋白的注釋, 挖掘其功能。

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