溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
本篇文章給大家分享的是有關串聯重復序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
Tandem Repeats Finder, 簡稱TRF, 是一款串聯重復序列查找工具，repeatmasker 程序中就整合了這個軟件。
通過官網的在線服務，可以快速掌握該軟件的用法，提供了3種選擇，示意圖如下，這三種選項的區別在于可調整參數的多少，我們先用默認參數運行看下
點擊Basic鏈接，跳轉到如下頁面，上傳對應的fasta格式的序列文件，或者在文本框中粘貼對應的序列，然后點擊Submit sequence按鈕，進行提交
在跳轉鏈接中，點擊下方紅色框區域，查看分析的結果
在該頁面會列出所有檢測到了重復序列區域的序列ID, 點擊每條序列的名稱，會跳轉到該序列的詳細頁面
在該頁面，會以表格的形式，給出一條序列上所有重復序列的匯總情況，點擊Table Explanation, 可以查看表頭的詳細解釋；點擊第一列的重復區域的ID, 可以跳轉到詳細頁面
在該頁面，會給出重復區域的序列信息，示意如下，可以看到，是一段以ACTC作為motif的重復區域
除了在線服務，也可以下載軟件本地運行，下載鏈接如下
https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html
對于linux服務器，下載完成后建議重命名文件，方便調用，代碼如下
chmod +x trf409.linux64 ln -s trf409.linux64 trf
該軟件的用法如下
trf /home/xudl/soft/SSRIT/input.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m
這里我全部采用了默認參數，運行成功后，在當前目錄，會生成很多的文件，其中的html文件和官網的結果是一致的，直接查看html文件就可以了。
以上就是串聯重復序列查找工具Tandem Repeats Finder如何理解，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
